Интеграция, анализ и визуализация на мрежови данни в кутия

Cytoscape е софтуерна платформа с отворен код за визуализиране на сложни мрежи и интегрирането им с всякакъв тип данни за атрибути. Много Приложения са достъпни за различни видове проблемни домейни, включително биоинформатика, анализ на социални мрежи и семантична мрежа. Научете повече.

NRNB и Cytoscape

Как да цитирам Cytoscape

Проектът Cytoscape се нуждае от вашата подкрепа!

Шанън П, Маркиел А, Озиер О, Балига НС, Уанг JT, Рамадж D, Амин Н, Швиковски Б, Идекер Т.

Cytoscape: софтуерна среда за интегрирани модели на мрежи за биомолекулно взаимодействие

Геномни изследвания 2003 ноември; 13 (11): 2498-504

За използване и внедряване на автоматизация, използвайки CyREST, команди или нашите R и Python библиотеки, моля цитирайте: Otasek, et al., Cytoscape Automation: овластяване на мрежов анализ, базиран на работния процес Биология на генома, 20: 185 (2019)
[Резюме] [PDF] [PubMed запис]

Други статии и статии за Cytoscape са достъпни тук.

Как да дарите на Cytoscape

Това е данъчно облагаемо дарение за организация с нестопанска цел 501 (c) (3),
Консорциумът Cytoscape, данъчен номер: 20-4909879.

Какво можете да направите с Cytoscape?

Биология

Cytoscape поддържа много случаи на употреба в молекулярната и системната биология, геномиката и протеомиката:

  • Заредете набори от данни за молекулярно и генетично взаимодействие в много стандартни формати
  • Проектирайте и интегрирайте глобални набори от данни и функционални анотации
  • Създайте мощни визуални карти на тези данни
  • Извършвайте разширен анализ и моделиране с помощта на Cytoscape Apps
  • Визуализирайте и анализирайте подбрани от човека набори от данни за пътеки като WikiPathways, Reactome и KEGG.

отворен

Социология

Общ комплексен мрежов анализ

Разработване на приложения

Представени видео демонстрации

Препоръчани публикации

Публикувайте за това, ако сте публикували с помощта на Cytoscape и ние ще представим вашата публикация тук!