Субекти

Резюме

Опции за достъп

Абонирайте се за Journal

Получете пълен достъп до дневник за 1 година

само 3,58 € на брой

Всички цени са нетни цени.
ДДС ще бъде добавен по-късно при плащане.

Наем или покупка на статия

Получете ограничен или пълен достъп до статии в ReadCube.

Всички цени са нетни цени.

медиирана

Кодове за присъединяване

Основни присъединения

Gene Expression Omnibus

Архив за четене на последователност

Депозити на данни

Данните за микрочипове са генерирани в съответствие с насоките на MIAME и са депозирани в базата данни на Gene Expression Omnibus (GEO) под номер за присъединяване GSE56257. Данните за последователността са депозирани в базата данни на NCBI Sequence Read Archive (SRA) под BioProject PRJNA242565 (номер за присъединяване на проекта към SRA, SRP040736; примерни номера за присъединяване, SRS584259 – SRS584323, SRS584325).

Препратки

Giovannucci, E. & Michaud, D. Ролята на затлъстяването и свързаните с него метаболитни нарушения при ракови заболявания на дебелото черво, простатата и панкреаса. Гастроентерология 132, 2208–2225 (2007)

Wu, G. D. et al. Свързване на дългосрочни диетични модели с чревни микробни ентеротипове. Наука 334, 105–108 (2011)

Schwabe, R. F. & Jobin, C. Микробиомът и ракът. Nature Rev. Рак 13, 800–812 (2013)

Turnbaugh, P. J., Backhed, F., Fulton, L. & Gordon, J. I. Диета-индуцираното затлъстяване е свързано с подчертани, но обратими промени в микробиома на дисталния черва на мишката. Клетъчен домакин Микроб 3, 213–223 (2008)

Zimmet, P., Alberti, K. G. & Shaw, J. Глобални и социални последици от епидемията на диабета. Природата 414, 782–787 (2001)

Ley, R. E., Turnbaugh, P. J., Klein, S. & Gordon, J. I. Микробна екология: човешки чревни микроби, свързани със затлъстяването. Природата 444, 1022–1023 (2006)

Turnbaugh, P. J. et al. Чревен микробиом, свързан със затлъстяването, с повишен капацитет за енергийна реколта. Природата 444, 1027–1031 (2006)

Bennecke, M. et al. Ink4a/Arf и индуцираното от онкоген стареене предотвратяват прогресията на тумора по време на алтернативна колоректална туморогенеза. Ракова клетка 18., 135–146 (2010)

Arkan, M. C. et al. IKK-β свързва възпалението с индуцирана от затлъстяване инсулинова резистентност. Nature Med. 11., 191–198 (2005)

Khasawneh, J. et al. Възпалението и β-окисляването на мастните киселини в митохондриите свързват затлъстяването с ранното промотиране на тумора. Proc. Natl Акад. Sci. САЩ 106, 3354–3359 (2009)

Clevers, H. C. & Bevins, C. L. Paneth клетки: маестро на тънките чревни крипти. Ану. Преподобни Физиол. 75, 289–311 (2013)

Шан, М. и сътр. Слузът подобрява хомеостазата на червата и оралната толерантност, като доставя имунорегулиращи сигнали. Наука 342, 447–453 (2013)

Maslowski, K. M. & Mackay, C. R. Диета, чревна микробиота и имунни отговори. Природа Имунол. 12, 5-9 (2011)

Kawai, T. & Akira, S. Ролята на рецепторите за разпознаване на образци във вродения имунитет: актуализация на Toll-подобни рецептори. Природа Имунол. 11., 373–384 (2010)

Slack, E. et al. Вроденият и адаптивен имунитет си сътрудничат гъвкаво, за да поддържат мутуализма гостоприемник-микробиота. Наука 325, 617–620 (2009)

Larsson, E. et al. Анализ на чревната микробна регулация на експресията на гена на гостоприемника по дължината на червата и регулиране на чревната микробна екология чрез MyD88. Червата 61, 1124–1131 (2012)

Ubeda, C. et al. Семейно предаване, а не дефектен вроден имунитет оформя отделната чревна микробиота на мишки с дефицит на TLR. J. Exp. Med. 209, 1445–1456 (2012)

Redgwell, R. J. & Fischer, M. Диетичните фибри като универсален хранителен компонент: индустриална перспектива. Мол. Nutr. Хранителна Рез. 49, 521–535 (2005)

Macfarlane, G. T., Steed, H. & Macfarlane, S. Бактериален метаболизъм и свързани със здравето ефекти на галакто-олигозахариди и други пребиотици. J. Appl. Микробиол. 104, 305–344 (2008)

Furusawa, Y. et al. Бутират, получен от коменсален микроб, индуцира диференциацията на Т-клетките на регулаторните клетки на дебелото черво. Природата 504, 446–450 (2013)

Brestoff, J. R. & Artis, D. Коменсални бактерии на границата на метаболизма на гостоприемника и имунната система. Природа Имунол. 14., 676–684 (2013)

Zoetendal, E. G. et al. Тънкочревната микробиота на човека се задвижва от бързото усвояване и превръщане на прости въглехидрати. ISME J. 6, 1415–1426 (2012)

Gautier, L., Cope, L., Bolstad, B. M. & Irizarry, R. A. affy - анализ на данни на Affymetrix GeneChip на ниво сонда. Биоинформатика 20., 307–315 (2004)

Wettenhall, J. M. & Smyth, G. K. limmaGUI: графичен потребителски интерфейс за линейно моделиране на данни от микрочипове. Биоинформатика 20., 3705–3706 (2004)

Джентълмен, R. C. et al. Биопроводник: отворена разработка на софтуер за изчислителна биология и биоинформатика. Геном Biol. 5, R80 (2004)

Meyer, S., Nolte, J., Opitz, L., Salinas-Riester, G. & Engel, W. Pluripotent ембрионални стволови клетки и мултипотентни възрастни зародишни стволови клетки разкриват подобни транскриптоми, включително гени, свързани с плурипотентността. Мол. Хъм. Reprod. 16., 846–855 (2010)

Irizarry, R. A. et al. Изследване, нормализиране и обобщения на данни за ниво на сондата на олигонуклеотиден масив с висока плътност. Биостатистика 4, 249–264 (2003)

Smyth, G. K. Линейни модели и емпирични методи на Bayes за оценка на диференциална експресия в експерименти с микрочипове. Статистика. Приложение Genet. Мол. Biol. http://dx.doi.org/10.2202/1544-6115.1027 (12 февруари 2004 г.)

Klipper-Aurbach, Y. et al. Математически формули за прогнозиране на остатъчната β клетъчна функция през първите две години на заболяването при деца и юноши с инсулинозависим захарен диабет. Med. Хипотези 45, 486–490 (1995)

Quince, C., Lanzen, A., Davenport, R. J. & Turnbaugh, P. J. Премахване на шума от ампликони с пиросеквенция. BMC Биоинформатика 12, 38 (2011)

Caporaso, J. G. et al. QIIME позволява анализ на данни за последователност на общността с висока производителност. Природни методи 7, 335–336 (2010)

Schloss, P. D. et al. Представяме mothur: софтуер с отворен код, независим от платформата, поддържан от общността за описване и сравняване на микробни общности. Приложение Околна среда. Микробиол. 75, 7537–7541 (2009)

DeSantis, T. Z. et al. Greengenes, проверена с химера база данни за 16S rRNA гени и работна маса, съвместима с ARB. Приложение Околна среда. Микробиол. 72, 5069–5072 (2006)

Caporaso, J. G. et al. PyNAST: гъвкав инструмент за подравняване на последователности към подравняване на шаблон. Биоинформатика 26, 266–267 (2010)

Wang, Q., Garrity, G. M., Tiedje, J. M. & Cole, J. R. Наивен байесов класификатор за бързо присвояване на rRNA последователности в новата бактериална таксономия. Приложение Околна среда. Микробиол. 73, 5261–5267 (2007)

Segata, N. et al. Откриване и обяснение на метагеномния биомаркер. Геном Biol. 12, R60 (2011)

Hothorn, T., Bretz, F. & Westfall, P. Едновременно заключение в общи параметрични модели. Biom. J. 50, 346–363 (2008)

Благодарности

Благодарим на K. Burmeister и J. Khasawneh за техническа помощ и H. Wagner за щедрото предоставяне Myd88 -/- мишки. Благодарим на K. Offe и докторската програма „Медицински науки и технологии“ за предоставяне на стипендия на J.H. за една година. Тази работа беше подкрепена отчасти от Центъра за клетъчна и генна терапия LOEWE във Франкфурт (CGT, III L 4-518/17.004) и институционални фондове от Georg-Speyer-Haus, както и безвъзмездни средства от Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) ( Gr1916/5-1), Deutsche Krebshilfe (108872) и ERC (ROSCAN-281967) към FRG Изчислителна инфраструктура, предоставена на S.W.P. от Центъра за биоинформатика и изчислителна биология на Университета в Делауеър и Институтът за биотехнологии в Делауеър е подкрепен с безвъзмездни средства от Националния институт по здравеопазване на САЩ Национален институт за общи медицински науки (8 P20 GM103446-12) и Американската национална научна фондация EPSCoR ( EPS-081425). Тази работа беше подкрепена от безвъзмездни средства от Deutsche Krebshilfe (107977) и DFG (AR710/2-1) за M.C.A.

Информация за автора

Настоящ адрес: Настоящ адрес: Frutarom Savory Solutions, 49451 Holdorf, Германия.,

Manon D. Schulz, Çiğdem Atay и Jessica Heringer: Тези автори допринесоха еднакво за тази работа.

Принадлежности

Институт по молекулярна имунология, Klinikum rechts der Isar, Технически университет Мюнхен, 81675 Мюнхен, Германия

Manon D. Schulz, ğiğdem Atay, Jessica Heringer, Franziska K. Romrig, Sarah Schwitalla & Melek C. Arkan

Катедра по молекулярна биология и генетика, Университет Богазичи, 34342 Бебек, Истанбул, Турция

Георг-Шпайер-Хаус, Институт по туморна биология и експериментална терапия, 60596 Франкфурт на Майн, Германия

Пол К. Циглер, Джулия Варга и Флориан Р. Гретен

Германски консорциум за рак (DKTK), 69120 Хайделберг, Германия

Пол К. Циглер, Джулия Варга, Томас Кирхнер и Флориан Р. Гретен

Германски център за изследване на рака (DKFZ), 69120 Хайделберг, Германия

Пол К. Циглер, Джулия Варга, Томас Кирхнер и Флориан Р. Гретен

Катедра по вътрешни болести II, Universitätsmedizin Mannheim, Медицински факултет Mannheim, Хайделбергски университет, 68167 Mannheim, Германия

Ядро за микрочипове и дълбоко секвениране, Университетски медицински център Гьотинген, 37077 Гьотинген, Германия

Клаудия Померенке и Габриела Салинас-Риестър

Институт по математическа статистика, Технически университет Мюнхен, 81675 Мюнхен, Германия

Катедра по стомашно-чревна микробиология, Немски институт по човешко хранене Потсдам-Рехбруке, 14558 Nuthetal, Германия

Карл Алперт и Майкъл Блаут

Център за биоинформатика и изчислителна биология, Институт по биотехнологии в Делауер, Университет в Делауеър, Нюарк, 19711, Делауеър, САЩ

Сара С. Полсън и Шон У. Полсън

Институт по патология, Университет "Лудвиг Максимилианс", 80337 Мюнхен, Германия

Лидия Брандл и Томас Кирхнер

Можете също да търсите този автор в PubMed Google Scholar

Можете също да търсите този автор в PubMed Google Scholar

Можете също да търсите този автор в PubMed Google Scholar

Можете също да търсите този автор в PubMed Google Scholar

Можете също да търсите този автор в PubMed Google Scholar

Можете също да търсите този автор в PubMed Google Scholar

Можете също да търсите този автор в PubMed Google Scholar

Можете също да търсите този автор в PubMed Google Scholar

Можете също да търсите този автор в PubMed Google Scholar

Можете също да търсите този автор в PubMed Google Scholar

Можете също да търсите този автор в PubMed Google Scholar

Можете също да търсите този автор в PubMed Google Scholar

Можете също да търсите този автор в PubMed Google Scholar

Можете също да търсите този автор в PubMed Google Scholar

Можете също да търсите този автор в PubMed Google Scholar

Можете също да търсите този автор в PubMed Google Scholar

Можете също да търсите този автор в PubMed Google Scholar

Можете също да търсите този автор в PubMed Google Scholar

Можете също да търсите този автор в PubMed Google Scholar

Можете също да търсите този автор в PubMed Google Scholar

Вноски

M.D.S., Ç.A., J.H. и M.C.A. извършва експериментална работа и управлява анализи на данни. F.K.R., S.S., B.A., P.K.Z., J.V., W.R. и F.R.G. подпомагани със събиране на проби, трансплантация на костен мозък и поточни цитометрични анализи. C.P. и G.S.-R. извършена подготовка на проби и анализи на микрочипове. А.Б. проведени статистически анализи. C.A. и М.Б. извършена газова хроматография. L.B. и Т.К. предостави човешки проби и оцени всички хистологични срези. S.C.P. и S.W.P. проведе 16S rRNA генно секвениране изчислителни анализи. M.C.A. проектира проучването и подготви ръкописа.

Автора за кореспонденция

Етични декларации

Конкуриращи се интереси

Авторите не декларират конкуриращи се финансови интереси.

Фигури и таблици с разширени данни

Разширени данни Фигура 1 HFD ускорява канцерогенезата независимо от затлъстяването и инсулиновата резистентност.

Разширени данни Фигура 2 Имунният отговор на гостоприемника е намален K-ras G12Dint мишки.

Разширени данни Фигура 3 HFD води до промени в общността в чревната микробиота.

а, б, Резултатите от размера на ефекта на линейния дискриминантен анализ (LDA) (LEfSe) показват бактерии, които се различават значително в изобилие K-ras G12Dint контролите на мишки и отпадъци върху HFD и посочиха размера на ефекта на всеки различно изобилен бактериален таксон в тънките черва (LSL-K-ras G12D /+ контроли, н = 3; K-ras G12Dint мишки, н = 8) (а) и дебелото черво (LSL-K-ras G12D /+ контроли, н = 5; K-ras G12Dint мишки, н = 7) (б). ° С, Относителното изобилие на Ешерихия/Шигела spp. и Хеликобактер spp. в тънките черва на K-ras G12Dint мишки на ND или HFD.

Разширени данни Фигура 4 Системно изтриване на Myd88 предотвратява прогресията на тумора в K-ras G12Dint мишки.

Разширени данни Фигура 5 Бактериалният състав се различава K-ras G12Dint мишки с тъканно специфична и системна делеция на Myd88.

Резултатите от LEfSe показаха, че съставът на тънкочревната микробиота е значително различен при хранене с HFD K-ras G12Dint мишки със и без Myd88 заличаване в IEC (а) или хематопоетичните клетки (б, ° С) (Myd88 IEC K-ras G12Dint мишки, н = 4; K-ras G12Dint + WT BM мишки, н = 4; K-ras G12Dint + MyD88 -/-BM мишки, н = 4; K-ras G12Dint мишки, н = 8).