Схема на метода, използван за сглобяване на генома и за откриване на транспозируеми елементи (TEI). Глобални варианти (черен) бяха открити от геномни сглобки, а незначителни варианти (сиви) чрез премапиране на четенията в тези сглобки. Референтните геноми, използвани за скелета RaGOO, са Dmel_R6.23 за G0 и за див тип щамове D. melanogaster, Dsim_R2.02 за щамове от див тип D. simulans и G0 събрание за G73 и G0-F100.

пълен

Оценка на процента на TE в геномите D. melanogaster и D. simulans (изогенни щамове от див тип). (а) Оценка на процента на TE с помощта на RepeatMasker (хромозомни сглобки ONT) и dnaPipeTE или TEcount (чете Illumina). (б) Съотношения между оценките, получени с посочените методи.

Номера на местата за поставяне за всяка TE група и за хромозома, определени с помощта на данни от Illumina (горни панели) или хромозомни сглобки на Oxford Nanopore Technology (ONT) (долни панели).

Глобални номера на копия на варианти при див тип D меланогастър и D. simulans щамове. (а) Брой споделени глобални варианти между щамове. Цветовата скала (вдясно на всеки панел) показва разстоянието въз основа на броя на двойно споделените вмъквания (обозначени с черен цвят на фигурата). Стойностите в бяло съответстват на общия брой на идентифицираните вмъквания за разглежданите щамове. (b) Средни TEI номера за посочените TE групи, изчислени в дивия тип D меланогастър и D. simulans щамове на базата на ONT хромозомни групи.

Глобален анализ на последователността на варианти при див тип щамове D. melanogaster и D. simulans. (а) Разпределение на дължини на копие на TE (т.е. размер на фрагмента) в bp за всички глобални варианти между щамове и TE групи. (b) Дивергенция на вътрешнофамилната последователност (средно разстояние от Kimura), изчислена за щам и за TE семейство.

пиРНК анализи при щамове D. melanogaster от див тип и D. simulans. (а) Нормализиран брой на пиРНК (log10) спрямо заетостта на генома за всички щамове и двата вида и кривата на линейна регресия. Всяка точка е TE семейство. (b) Резултатите за щамовете dmgoth63 и dsgoth31 са показани като примери. Уникално картографиране на piRNAs по комплектите хромозоми ONT (черен, нормализиран брой piRNA). Глобални варианти, идентифицирани по ONT хромозомни групи (сиво). Червените стрелки показват фламенко (X хромозома) и 42AB (2R хромозома). Данните за останалите щамове са представени на фигура S2. Пиковете извън скалата могат да съответстват на микроРНК, които отсъстват от miRBase.

Характеризиране на варианта за второстепенно повтаряне с дълъг терминал (LTR MIV) в стабилни (G0) и нестабилни (G73) линии. (а) ZAM копия, визуализирани чрез флуоресцентна in situ хибридизация в G0 (вляво) и G73 (вдясно) политенови хромозоми. Двата глобални варианта съответстват на нереферентни копия на ZAM, налични в G0 и G73 (звездички в увеличените изображения). Стрелките показват новите вмъквания на ZAM в G73. Още примери са представени на фигура S3. (b) Точкова графика на сравнението на последователностите между ZAM последователностите, достъпни от ново сглобения G0 геном и ZAM консенсусна последователност. (в) Топлинна карта на LTR MIV, открита в библиотеките G0-F100 (стабилна) и G73 (нестабилна). (г) Хистограми, показващи броя на четенията, поддържащи всеки LTR MIV. (д) Лого на последователността на TSD, дефинирано чрез процедурата за автоматично откриване LTR MIV. (е) мотивът ZAM TSM, дефиниран с помощта на автоматичните и ръчни процедури за откриване на LTR MIV.

Топлинна карта на LTR MIV, вмъкнати в piRNA клъстери и открити в линиите G0-F100 и G73.