Индексът на разнообразието на Шанън, изчислен от прокариотични (а) и гъбични (б) данни за последователността, произхождащи от насипни почвени и картофени проби. Взети са проби от различни процедури за торене: контрол (CF), оборски тор (MF; 330 kg N/ha), NPK (NPK; 330-90-330 kg/ha), утайки от отпадъчни води (SF; 330 kg N/ha), утайки от отпадъчни води (SF3x; 990 kg N/ha).

безплатни

Основни координатни анализи (PCoA) на ординации на проби от почви и грудки, базирани на данни за прокариотни (а) и гъбични (б) ампликонни последователности (ASV).

PCoA ординация, демонстрираща различия в прокариотните и гъбични съобщества в почвата и клубените, събрани от различни режими на торене: контрол (CF), оборски тор (MF; 330 kg N/ha), NPK (NPK; 330-90-330 kg/ha), канализация утайки (SF; 330 kg N/ha), утайки от отпадъчни води (SF3x; 990 kg N/ha). Подфигурите представляват: (A) почвени прокариотни съобщества в Humpolec, (B) ендофитни прокариотни съобщества в Humpolec, (C) почвени прокариотни съобщества в Suchdol, (D) ендофитни прокариотни съобщества в Suchdol, (E) почвени гъбични съобщества в Humpolec, (F ) ендофитни гъбични съобщества в Humpolec, (G) почвени гъбични съобщества в Suchdol и (H) ендофитни гъбични съобщества в Suchdol.

Топлинна карта, представляваща изобилие от 20 бактериални ASV, които са определени за един (или повече) потенциални човешки патогени. Взети проби от почва (A) и грудки (B), произхождащи от различни обработки за торене: контрол (CF), оборски тор (MF; 330 kg N/ha), NPK (NPK; 330-90-330 kg/ha), утайки от отпадъчни води (SF; 330 kg N/ha), утайки от отпадъчни води (SF3x; 990 kg N/ha). Бяло поле показва липсата на съответния ASV в пробата.

Резюме

1. Въведение

2. Материали и методи

2.1. Експериментален дизайн, събиране и обработка на проби

2.2. Изолация на ДНК

2.3. Гениране на 16S рРНК и генериране на ампликон в региона на ITS от почвени материали

10 ng), 0,3 цМ от всеки праймер (Sigma-Aldrich, St Louis, MO, USA) и вода за молекулярна биология (Sigma-Aldrich, St Louis, MO, USA). Във втория амплификационен цикъл продуктът на първия PCR се използва като ДНК-матрица и се използват същите праймери, модифицирани с адаптерни етикети и вътрешни баркодове за секвениране на Illumina. Вторите 25 µL реакции съдържат 0,02 U/µL KAPA HiFi HotStart ReadyMix (Kapa Biosystems, Wilmington, MA, USA), 1 µM от всеки праймер (Sigma-Aldrich, St Louis, MO, USA), 0,5 µL от предишния PCR продукт и вода за молекулярна биология (Sigma-Aldrich, Сейнт Луис, Мисури, САЩ). Температурният режим и за двете реакции е както следва: 95 ° C/5 минути, 98 ° C/20 s, 56 ° C (за 16S рРНК ген) или 50 ° C (за ITS региона)/15 s, 72 ° C/15 s, 72 ° C/5 мин. Първото усилване беше подготвено с 28–30 цикъла; следващото усилване беше извършено с 8-10 цикъла.

2.4. 16S rRNA ген и генериране на ампликон на ITS регион от растителни материали

10 ng/µL) и вода за молекулярна биология (Sigma-Aldrich, St Louis, MO, USA). Амплифицирането на всяка проба се извършва в шест копия и се анализира чрез електрофореза в агарозен гел (1.5%). Лентата при 553 bp беше изрязана и пречистена с помощта на комплект за възстановяване на ДНК на Zymoclean Gel (ZYMO Research, Irvine, CA, USA).