Thrsp

Резултат от анотация: 4 от 5

щитовидната

Резултатът от анотацията осигурява евристична мярка на съдържанието на анотацията на запис на UniProtKB или протеома. Този резултат не мога да се използва като мярка за точността на анотацията, тъй като не можем да дефинираме „правилната анотация“ за даден протеин.

- Експериментални доказателства на ниво протеин i

Това показва вида на доказателствата, които подкрепят съществуването на протеина. Имайте предвид, че доказателствата за „наличие на протеин“ не дават информация за точността или правилността на показаната последователност (и).

Изберете раздел отляво, за да видите съдържанието.

Този раздел предоставя всякаква полезна информация за протеина, най-вече биологични познания.

Ръчно подбрана информация, за която има публикувани експериментални доказателства.

Ръчно твърдение въз основа на експеримент в i

Проектът за генна онтология (GO) предоставя набор от йерархично контролиран речник, разделен на 3 категории:

GO - Молекулярна функция i

GO - Биологичен процес i

  • липиден метаболитен процес Източник: UniProtKB-KW
  • регулиране на липидния биосинтетичен процес Източник: UniProtKB

Предполага се от мутантния фенотип

Описва анотации, които са заключени от разглеждане на вариации или промени в генен продукт като мутации или анормални нива и включва техники като нокаути, свръхекспресия, експерименти срещу смисъл и използване на специфични протеинови инхибитори.

Повече информация в ръководството за GO кодове за доказателства

Предполага се от мутантния фенотип i

Ключовите думи на UniProtKB представляват контролиран речник с йерархична структура. Ключовите думи обобщават съдържанието на запис в UniProtKB и улесняват търсенето на протеини, които представляват интерес.

Бази данни за ензими и пътища

Реактом - база от знания за биологични пътища и процеси

Този раздел предоставя информация за протеиновите и генните имена и синоними и за организма, който е източникът на протеиновата последователност.

Имена и таксономия i

Този подраздел на раздела Имена и таксономия предоставя изчерпателен списък на всички имена на протеина, от често използвани до остарели, за да позволи еднозначно идентифициране на протеин.

Този подраздел на раздела Имена и таксономия посочва имената (ите) на гена (ите), който кодира протеиновата (ите) последователност (и), описана в записа. Съществуват четири различни маркера: „Име“, „Синоними“, „Подредени имена на локуси“ и „имена на ORF“.

Този подраздел на раздела Имена и таксономия предоставя информация за името (ите) на организма, което е източникът на протеиновата последователност.

Този подраздел на раздела Имена и таксономия показва уникалния идентификатор, присвоен от NCBI на организма източник на протеина. Това е известно като „таксономичен идентификатор“ или „таксиметров“.

Този подраздел на раздела Имена и таксономия съдържа таксономичната йерархична класификация на изходния организъм. Той изброява възлите, както се показват отгоре надолу в таксономичното дърво, като първо е изброено по-общото групиране.

Този подраздел на раздела "Имена и таксономия" присъства за записи, които са част от протеома, т.е.

Протеомът на UniProt може да се състои от няколко компонента.
Името на компонента се отнася до геномния компонент, кодиращ набор от протеини.

Бази данни, специфични за организма

База данни за геном на плъхове

Този раздел предоставя информация за местоположението и топологията на зрелия протеин в клетката.

Подклетъчно местоположение i

Извънклетъчна област или секретирана

Автоматично изчислително твърдение

Графика на Christian Stolte & Seán O’Donoghue; Източник:

Ядро

Ръчно твърдение въз основа на експеримент в i

Други места
Цитозол
Ядро

Ключови думи - клетъчен компонент i

Този раздел описва посттранслационни модификации (PTM) и/или обработка на събития.

PTM/обработка i

Обработка на молекули

Този подраздел на раздела „PTM/обработка“ описва степента на полипептидна верига в зрелия протеин след обработка или протеолитично разцепване.

Модификации на аминокиселини

Този подраздел на раздела „PTM/Обработка“ определя позицията и вида на всеки модифициран остатък с изключение на липиди, гликани и протеинови омрежи.

Ръчно потвърдена информация, изведена от комбинация от експериментални и изчислителни доказателства.

Ръчно твърдение, изведено от комбинация от експериментални и изчислителни доказателства i

Ключови думи - PTM i

Протеомични бази данни

PaxDb, база данни за средно изобилие на протеини във всичките три области на живота

PTM бази данни

iPTMnet интегриран ресурс за PTM в контекста на системната биология

Този раздел предоставя информация за експресията на ген на ниво иРНК или протеин в клетки или в тъкани на многоклетъчни организми.

Този подраздел на раздела „Експресия“ предоставя информация за експресията на ген на ниво иРНК или протеин в клетки или в тъкани на многоклетъчни организми. По подразбиране информацията се извлича от експерименти на ниво иРНК, освен ако не е посочено „на ниво протеин“.
Примери: P92958, Q8TDN4, O14734

Специфичност на тъканите i

Ръчно твърдение въз основа на експеримент в i

Този подраздел на раздела „Експресия“ отчита експериментално доказаните ефекти на индукторите и репресорите (обикновено химични съединения или фактори на околната среда) върху нивото на експресия на протеини (или иРНК) (регулиране нагоре, регулиране надолу, конститутивна експресия).

Ръчно твърдение въз основа на експеримент в i

Този раздел предоставя информация за кватернерната структура на протеин и за взаимодействието (ата) с други протеини или протеинови комплекси.

Този подраздел на раздела „Взаимодействие“ предоставя информация за белтъчната кватернерна структура и взаимодействия с други протеини или протеинови комплекси (с изключение на физиологичните взаимодействия рецептор-лиганд, които са отбелязани в раздела „Функция“).

Структура на субединицата i

Омодимер. Хетеродимер с MID1IP1.

Взаимодейства с THRB и PLAGL1 (По сходство).

GO - Молекулярна функция i

Бази данни за взаимодействие между протеин и протеин

STRING: функционални мрежи за асоцииране на протеини

Този раздел предоставя информация за третичната и вторичната структура на протеин.

Бази данни с 3D структура

SWISS-MODEL Repository - база данни с коментирани 3D модели на протеинова структура

База данни за сравнителни модели на протеинова структура

Този раздел предоставя информация за сходството на последователността с други протеини и домена (ите), присъстващ (и) в протеин.

Семейство и домейни i

Този подраздел на раздела "Семейство и домейни" предоставя информация за сходството на последователността с други протеини.

Прилики на последователността i

Филогеномни бази данни

еволюционна генеалогия на гените: Ненаблюдавани ортологични групи

InParanoid: Еукариотни ортологични групи

База данни за пълни колекции от генни филогении

Бази данни за семейство и домейн

Интегриран ресурс от протеинови семейства, домейни и функционални сайтове

Системата за класификация PANTHER

База данни на домейн за протеини на Pfam

Този раздел показва по подразбиране каноничната протеинова последователност и при поискване всички изоформи, описани в записа. Той също така включва информация, отнасяща се до последователността (ите), включително дължина и молекулно тегло. Информацията се съхранява в различни подраздели. Настоящите подраздели и тяхното съдържание са изброени по-долу:

Този подраздел на секцията Последователност показва дали каноничната последователност, показана по подразбиране в записа, е пълна или не.

Състояние на последователността i: завършено.

Този запис има 1 описана изоформа и 1 потенциална изоформа, която се изчислява изчислително. Покажи всички Изравняване на всички

Контролната сума е форма на проверка на резервиране, която се изчислява от последователността. Полезно е за проследяване на актуализации на последователността.

Трябва да се отбележи, че докато на теория две различни последователности могат да имат една и съща стойност на контролната сума, вероятността това да се случи е изключително ниска.

UniProtKB обаче може да съдържа записи с идентични последователности в случай на множество гени (паралози).

Контролната сума се изчислява като последователност 64-битова стойност за проверка на циклична излишък (CRC64), като се използва полином на генератора: x 64 + x 4 + x 3 + x + 1. Алгоритъмът е описан в стандарта ISO 3309.

Press W.H., Flannery B.P., Teukolsky S.A. и Vetterling W.T.
Циклично съкращаване и други контролни суми
Числени рецепти в C 2-ро издание, pp896-902, Cambridge University Press (1993))

Контролна сума: i 15812D18DDFB12DE

В еукариотните референтни протеоми непроверените записи, които е вероятно да принадлежат към един и същ ген, се изчисляват изчислително на базата на генни идентификатори от Ensembl, EnsemblGenomes и бази данни на организми на организма.

Изчислително картографирани потенциални изоформни последователности i

Резултат от анотация: 2 от 5

Резултатът от анотацията осигурява евристична мярка на съдържанието на анотацията на запис на UniProtKB или протеома. Този резултат не мога да се използва като мярка за точността на анотацията, тъй като не можем да дефинираме „правилната анотация“ за даден протеин.

Експериментална информация

Този подраздел на секцията „Последователност“ отчита разлика (и) между каноничната последователност (показана по подразбиране в записа) и различните подадени последователности, обединени в записа. Тези различни материали могат да произхождат от различни проекти за последователност, различни видове експерименти или различни биологични проби. Конфликтите в последователността обикновено са с неизвестен произход.

Бази данни за последователност

База данни на EMBL нуклеотидна последователност

База данни за нуклеотидна последователност на GenBank

ДНК Банка данни на Япония; база данни на нуклеотидна последователност

База данни за протеинова последователност на Информационния ресурс за протеини

Бази данни за анотации на генома

UCSC браузър за геном

Този раздел предоставя връзки към протеини, които са подобни на протеиновите последователности, описани в тази публикация на различни нива на прагове за идентичност на последователността (100%, 90% и 50%) въз основа на тяхното членство в UniProt Reference Clusters (UniRef).

Подобни протеини i

Този раздел се използва за насочване към информация, свързана със записи и намерена в колекции от данни, различни от UniProtKB.

Бази данни за последователност

Бази данни с 3D структура

Бази данни за взаимодействие между протеин и протеин

PTM бази данни

Протеомични бази данни

Бази данни за анотации на генома

Бази данни, специфични за организма

Филогеномни бази данни

Бази данни за ензими и пътища

Разни бази данни

Бази данни за семейство и домейн

ProtoNet; Автоматична йерархична класификация на протеините

MobiDB: база данни за белтъчни разстройства и анотации на мобилността

Този раздел предоставя обща информация за записа.

Информация за влизане i

Този подраздел на раздела „Информация за въвеждане“ предоставя мнемоничен идентификатор за запис на UniProtKB, но не е стабилен идентификатор. На всеки прегледан запис се присвоява уникално име на запис при интегриране в UniProtKB/Swiss-Prot.

Този подраздел на раздела „Информация за влизане“ предоставя един или повече номера за присъединяване. Това са стабилни идентификатори и трябва да се използват за цитиране на записи на UniProtKB. При интегриране в UniProtKB на всеки запис се присвоява уникален номер за присъединяване, който се нарича „Основен (приложим) номер за присъединяване“.

Този подраздел на раздела „Информация за запис“ показва датата на интегриране на записа в UniProtKB, датата на последната актуализация на последователността и датата на последната модификация на анотацията („Последна промяна“). Показва се също номерът на версията както на записа, така и на каноничната последователност.

Този подраздел на раздела „Информация за влизане“ показва дали записът е бил ръчно анотиран и прегледан от кураторите на UniProtKB или не, с други думи, ако записът принадлежи към раздела Swiss-Prot на UniProtKB (прегледани) или към компютърно анотираната секция TrEMBL (непрегледано).

Този раздел съдържа всякаква подходяща информация, която не се побира в други дефинирани раздели