Лаборатория за генно инженерство, Федерален изследователски център Институт по цитология и генетика, Сибирският клон на Руската академия на науките, просп. Акад. Лаврентьева, 10, Новосибирск 630090, Русия

кодиращи

Лаборатория по биоинформатика, Институт по изчислителни технологии, Сибирският клон на Руската академия на науките, Ул. Акад. Ржанова, 6, Новосибирск 630090, Русия

BIOSOFT.RU, Ltd, Ul. Russkaya, 41/1 Новосибирск 630058, Русия

BIOSOFT.RU, Ltd, Ul. Russkaya, 41/1 Новосибирск 630058, Русия

BIOSOFT.RU, Ltd, Ul. Russkaya, 41/1 Новосибирск 630058, Русия

Новосибирски държавен университет, Ул. Пирогова, 2, Новосибирск 630090, Русия

Резюме

РНК играе важна роля във вътреклетъчния клетъчен живот и в организма като цяло. Освен добре установените протеинови кодиращи РНК (messenger RNAs, mRNAs), дълги некодиращи РНК (lncRNAs) са привлекли вниманието на скорошни изследователи. Въпреки че lncRNAs са класифицирани като некодиращи, някои автори съобщават за наличието на съответни последователности в данните за профилиране на рибозоми (Ribo-seq). Технологията Ribo-seq е мощен експериментален инструмент, използван за характеризиране на транслацията на РНК в клетката с фокус върху инициирането (харингтонин, лактимидомицин) и удължаването (циклохексимид). Чрез експлоатация на транслационни стартове, получени от експеримента Ribo-seq, разработихме нов матричен модел на теглото на позицията за прогнозиране на стартиращите транслации. Този модел ни позволи да постигнем 96% точност на дискриминацията между човешките мРНК и lncRNAs. Когато същият модел беше използван за прогнозиране на предполагаеми ORFs в РНК, ние открихме, че по-голямата част от lncRNAs съдържат само малки ORFs (≤ 3 0 0 nt) за разлика от иРНК.