Търсене на база данни на талисмани> Помощ> Преглед на отчета за резултатите

база

В края на търсенето се показва обобщен отчет, който предоставя преглед на резултатите. Често ще има избор на формати на отчети и всеки доклад съдържа връзки към по-подробни изгледи на експерименталните и изчислените данни.

Видове обобщен доклад

Обобщеният доклад по подразбиране за резултатите от пептидните пръстови отпечатъци е Кратко резюме на протеини. Протеините, които съответстват на един и същ набор или подмножество на масовите стойности, се групират в едно попадение. Целта е да се предостави резюме на една страница на резултатите от търсенето. Можете да използвате контролите за формат, за да превключите към оригиналното резюме на протеини, където всеки хит на протеина е изброен поотделно, заедно с подробности за отделните съвпадения на масова стойност.

За MS/MS търсения с по-малко от 300 спектъра, обобщеният отчет по подразбиране е Резюме на пептидите. Това осигурява ясна картина на пептидните съвпадения, групирани в протеинови хитове с помощта на прост алгоритъм за парсимониране. Ако има 300 или повече спектъра, обобщеният доклад по подразбиране е Обобщение на семейството на протеини. Това групира протеините в семейства въз основа на нов йерархичен алгоритъм на клъстериране и представя тези резултати една по една страница, първоначално с 20 семейства на страница. Този отчет е идеално подходящ за много големи и сложни MS/MS търсения, където не е практично да се показват всички резултати на една HTML страница.

За резултатите от MS/MS можете да използвате контролите за форматиране, за да превключите към Резюме за избор, което е подобно на Резюме на пептиди, но осигурява по-компактен изглед на резултатите. Изборът на резюме разделя пептидните съвпадения, присвоени на протеинови попадения, в отделен отчет от неприсвоените пептидни съвпадения. За търсения с по-малко от 1000 MS/MS спектри, можете също да изберете Резюме на протеини, но не се препоръчва да го правите, освен ако не преглеждате резултатите от комбинирано търсене. Ако пробата е смес, използването на един от докладите за обобщение на протеини за преглед на резултатите от търсенето на MS/MS може да даде много подвеждаща картина.

Ако изпращате MS/MS търсения на вътрешен сървър на талисман, ще имате възможност да създадете архивен отчет. Това е просто редактирана версия на Резюме на пептида, която включва само избраните от вас протеинови посещения. Ако изобщо няма съвпадения на пептидна последователност от търсене на данни за MS/MS, съвпадат само молекулно тегло, тогава ще се покаже отчет на белтъчно обобщение. Това показва, че търсенето е неуспешно. Вероятно спектрите не са нищо друго освен шум или евентуално параметрите за търсене са неправилни по някакъв начин.

В обобщените отчети за резултатите от MS/MS, ако базата данни е нуклеинова киселина и един или повече UniGene индекси са конфигурирани за базата данни, която се търси, ще има възможност за генериране на отчет, в който протеиновите съвпадения са групирани в семейства UniGene.

Крайният избор в списъка с формати на отчети винаги е Експортиране на резултатите от търсенето. Това позволява резултатите да бъдат експортирани в редица „машинно четими“ формати, включително mzIdentML, стандартният формат за обмен на резултати от търсенето.

Протеинов изглед

Изгледът на протеини на запис в списъка на попадения може да се покаже, като щракнете върху номер за присъединяване в обобщен отчет.

Информация за протеина, ензима (ако има такъв) и всички модификации са отпечатани в горната част на страницата. Това е последвано от форматираната последователност на протеина в 1-буквен код със съвпадащи пептиди, подчертани с удебелен, червен тип.

Ако базата данни с последователности е нуклеинова киселина и всички съвпадения идват от един кадър, докладът ще бъде много подобен на този за запис на база данни за протеин. Ако съвпаденията идват от няколко кадъра, поради смяна на кадър или снаждане, тогава ще се показва само по един кадър в даден момент. Падащ списък може да се използва за превключване между кадрите.

Блокът от последователности е последван от подробна таблица на пептидните съвпадения. За ензимно извличане можете също да изберете да покажете всички изчислени пептиди, независимо дали съвпадат или не, включително всички частици до лимита, определен от параметъра Пропуснати разцепвания. Съответстващите пептиди са показани с удебелен, червен шрифт, заедно с връзка към съответния пептиден изглед. Ако не е използван ензим или полуспецифичен ензим, тази опция не е налична и таблицата съдържа само съответстващите пептиди.

Ако ензимът е смес от независими ензими и решите да покажете изчислените пептиди, те ще бъдат показани за един ензимен компонент наведнъж. Падащ списък може да се използва за превключване между ензими. Форматираната протеинова последователност показва акценти за всички мачове по всяко време.

По подразбиране редът за сортиране е започнете остатъчен ред. Осигурени са контроли за повторно показване на таблицата, сортирана чрез увеличаване или намаляване на молекулното тегло на пептида

Графика показва разликите в масата между изчислените и експерименталните стойности на масата за протеиновото съвпадение в същите единици, които са били използвани за определяне на толерантността на пептидната маса. Има и цифра за RMS грешка на набора на съвпадащи стойности на масата в ppm.

Ако е налично, в долната част на страницата се възпроизвежда пълният текст на анотациите на последователността.

Геномни последователности

Ако съвпадението е с много дълга последователност на нуклеинови киселини (над 30 000 основи по подразбиране), конвенционалният протеинов изглед е непрактичен. В този случай Mascot автоматично ще генерира таблица с функции DDBJ/EMBL/GenBank. Например:

По подразбиране съвпадат само със значителни резултати (p http: //local-server/mascot/cgi/master_results.pl? File = ./data/20040121/F001847.dat

Типът на отчета може да бъде променен чрез добавяне на "REPTYPE = протеин":

Етикетите и стойностите не са чувствителни към малки и големи букви. Имайте предвид, че много етикети започват с знак за подчертаване. Стойности, които не са буквални низове, са показани в курсив.

Аргументите за URL, свързани с количественото определяне, са описани тук