Графики с лого на последователността на подредени последователности на осем цистеинови мотиви (ECM) за всеки тип протеини за пренос на липиди Triticum kiharae (TkLTP). Височината на аминокиселинен остатък отразява неговото ниво на съхранение. На оста x числата показват позицията на остатък в ECM. По оста y информативното съдържание се показва в битове.

Триизмерна структура и модел на сдвояване на цистеин от TkLTP1.36 (A), TkLTP2.21 (B) и TkLTPd7.1 (C). Дисулфидните връзки са показани с жълт цвят.

Филогенетично дърво на предполагаемите nsLTPs от T. kiharae и A. thaliana. Аминокиселинните последователности на зрелите nsLTPs бяха използвани за изграждане на филогенетично дърво със софтуера MEGA7. T. kiharae nsLTP са маркирани с розови кръгове, тези на A. thaliana - с триъгълници. Номерата за присъединяване на A. thaliana nsLTP са показани в таблица S4. nsLTPs Типовете са обозначени с клонове с различни цветове: Тип 1 - син, Тип 2 - розов, Тип D - зелен, Тип G - червен и Тип X - черен. Буутстрапирането беше извършено 10 000 пъти, за да се получат стойности за поддръжка за всеки клон.

Топлинни карти на диференциално експресирани гени TkLTP. (А) Гени с нива на експресия под 50 CPM във всички транскриптоми. (B) Гени, чиито нива на експресия са над 50 CPM поне в един транскриптом. Обозначенията са както следва: Cont, Ind, Inf и IR, контролни, индуцирани, заразени и експресиращи IR разсад, съответно.

Диференциално експресирани гени TkLTP в транскриптомите на T. kiharae (представени в% от общия брой експресирани гени TkLTP). Надрегулираните гени (промяна в експресията ≥ 2) са показани в оранжево; надолу регулираните гени TkLTP (промяна в експресията ≤ 0,5) са дадени в синьо; Гените TkLTP, чието ниво на експресия не се променя, са оцветени в розово. Над фигурите обозначенията са както следва: Ind/Cont, третирани с елицитор срещу контрол; Inf/Cont, заразени срещу контрол, IR/Cont, IR-дисплей срещу контрол; IR/Ind, IR-експресиращи спрямо третирани с елицитор; IR/Inf, IR-експресиращи спрямо заразени с F. oxysporum; Inf/Ind, заразени срещу лекувани с елицитор.

Диаграма на Venn, демонстрираща броя на гените TkLTP, специално регулирани нагоре или надолу (в сравнение с контрола) в третирани с елицитор (Ind), заразени с F. oxysporum (Inf) и инфрачервени дисплеи на T. kiharae, както и подобно изразени TkLTPs в и трите транскриптома. (А) Урегулирани гени TkLTP. (B) Намаляване на регулираните гени TkLTP. За надрегулирани гени TkLTP промяната на експресията е била ≥2, за понижената регулация ≤0.5.

Диаграма на Venn, демонстрираща броя на гените TkLTP, специално регулирани нагоре или надолу в разсад, показващ IR, в сравнение с третирани с елицитор (Ind) и заразени с F. oxysporum (Inf) разсад, както и експресирани по подобен начин гени TkLTP и в двата транскриптома. (А) Урегулирани гени TkLTP. (B) Намаляване на регулираните гени TkLTP. За надрегулираните гени TkLTP промяната на експресионното сгъване е ≥2, за пониженото регулиране ≤0.5.

qRT-PCR валидиране на нивата на експресия за избрани TkLTP гени. Стойностите на относителната експресия бяха нормализирани с помощта на гена rli като вътрешен контрол и стандартизирани спрямо контролните стойности. Анализите бяха извършени в три екземпляра; лентите представляват стандартно отклонение.

Резюме

пълнотекстови

Графики с лого на последователността на подредени последователности на осем цистеинови мотиви (ECM) за всеки тип протеини за пренос на липиди Triticum kiharae (TkLTP). Височината на аминокиселинен остатък отразява неговото ниво на съхранение. На оста x числата показват позицията на остатък в ECM. На оста y информативното съдържание се показва в битове.

Триизмерна структура и модел на сдвояване на цистеин от TkLTP1.36 (A), TkLTP2.21 (B) и TkLTPd7.1 (C). Дисулфидните връзки са показани с жълт цвят.

Филогенетично дърво на предполагаемите nsLTPs от T. kiharae и A. thaliana. Аминокиселинните последователности на зрелите nsLTPs бяха използвани за изграждане на филогенетично дърво със софтуера MEGA7. T. kiharae nsLTP са маркирани с розови кръгове, тези на A. thaliana - с триъгълници. Номерата за присъединяване на A. thaliana nsLTP са показани в таблица S4. nsLTPs Типовете са обозначени с клонове с различни цветове: Тип 1 - син, Тип 2 - розов, Тип D - зелен, Тип G - червен и Тип X - черен. Буутстрапирането беше извършено 10 000 пъти, за да се получат стойности за поддръжка за всеки клон.

Топлинни карти на диференциално експресирани гени TkLTP. (А) Гени с нива на експресия под 50 CPM във всички транскриптоми. (B) Гени, чиито нива на експресия са над 50 CPM поне в един транскриптом. Обозначенията са както следва: Cont, Ind, Inf и IR, контролни, индуцирани, заразени и експресиращи IR разсад, съответно.

Диференциално експресирани гени TkLTP в транскриптомите на T. kiharae (представени в% от общия брой експресирани гени TkLTP). Надрегулираните гени (промяна в експресията ≥ 2) са показани в оранжево; надолу регулираните гени TkLTP (промяна в експресията ≤ 0,5) са дадени в синьо; Гените TkLTP, чието ниво на експресия не се променя, са оцветени в розово. Над фигурите обозначенията са както следва: Ind/Cont, третирани с елицитор срещу контрол; Inf/Cont, заразени срещу контрол, IR/Cont, IR-дисплей срещу контрол; IR/Ind, IR-експресиращи спрямо третирани с елицитор; IR/Inf, IR-експресиращи спрямо заразени с F. oxysporum; Inf/Ind, заразени срещу лекувани с елицитор.

Диаграма на Venn, демонстрираща броя на гените TkLTP, специално регулирани нагоре или надолу (в сравнение с контрола) в третирани с еликтор (Ind), заразени с F. oxysporum (Inf) и инфрачервени дисплеи на T. kiharae, както и подобно изразени TkLTPs в и трите транскриптома. (А) Урегулирани гени TkLTP. (B) Намаляване на регулираните гени TkLTP. За надрегулирани гени TkLTP промяната на експресията е била ≥2, за понижената регулация ≤0.5.

Диаграма на Venn, демонстрираща броя на гените TkLTP, специално регулирани нагоре или надолу в разсад, показващ IR, в сравнение с третирани с елицитор (Ind) и заразени с F. oxysporum (Inf) разсад, както и експресирани по подобен начин гени TkLTP и в двата транскриптома. (А) Урегулирани гени TkLTP. (B) Намаляване на регулираните гени TkLTP. За надрегулираните гени TkLTP промяната на експресионното сгъване е ≥2, за пониженото регулиране ≤0.5.

qRT-PCR валидиране на нивата на експресия за избрани TkLTP гени. Стойностите на относителната експресия бяха нормализирани с помощта на гена rli като вътрешен контрол и стандартизирани спрямо контролните стойности. Анализите бяха извършени в три екземпляра; лентите представляват стандартно отклонение.