Дял

Копирайте връзката

Семената са засадени за изцяло нов начин за лечение на рак, информиран от геномика, преди повече от десетилетие. Д-р Джанеса Ласкин, медицински онколог в BC Cancer, попита д-р Марко Мара, директор на канадския Център за геномни науки на Майкъл Смит в BC Cancer, дали има нещо, което геномиката може да направи за насочване на лечението на един от нейните пациенти, който е имал рядка вид рак. Въоръжени с технология за секвениране на ДНК от следващо поколение, Drs. Мара и Ласкин щяха да водят първото по рода си проучване, за да използват цялостно геномно и транскриптомно секвениране за информиране на лечението на рака, резултатите от което бяха публикувани в семинарен доклад в Genome Biology през 2010 г. (Jones et al., Genome Biol. 2010).

научни

Лидерите на програмата за персонализирана онкогеномика BC Cancer; отляво надясно: д-р. Джанеса Ласкин, медицински онколог, Марко Мара и Стивън Джоунс, директори на канадския център за наука за генома на Майкъл Смит, BC BC.

Четири години по-късно стартира Персонализираната онкогеномика (POG). POG, който изучава използването на цели геномни и транскриптомни секвенции за информиране на лечението на пациенти при напреднал рак, е изграден върху споделена визия за геномна информация за подобряване на грижите за рака. Превръщането на тази визия в реалност изисква обединяване на геномиката, онкологията, патологията, рентгенологията, наследствения рак и много други дисциплини. С над 700 възрастни и 110 педиатрични пациенти, секвенирани към днешна дата, POG е събрал пълен, точен и постоянен набор от данни за човешки туморни геноми и транскриптоми (над 200 трилиона бази), който е гръбнакът за над 40 проучвания, обединявайки широк спектър от експерти в различни дисциплини в здравеопазването и науката.

Публикациите от Персонализираната програма OncoGenomics представляват принос на много автори, обхващащи широк спектър от среди, включително биоинформатика, онкология и патология.

Как се различават напредналите ракови заболявания от първичното заболяване? Какви са въздействията на предишната терапия върху туморния геном, когато напредналите пациенти с рак са станали устойчиви на лечение? Чрез секвениране на напреднали, предварително третирани туморни проби и интегриране на пълните данни за секвениране на генома и транскриптома с историята на лечението на пациента и клиничните данни, POG генерира данните, необходими, за да започне да отговаря на тези въпроси. Най-новото ни проучване „Пан-рак анализ на напреднали тумори на пациенти разкрива взаимодействието между терапията и геномните пейзажи“, публикувано в Nature Cancer, фокусирано върху въздействието на терапията върху туморните геноми и транскриптомите. Това проучване е най-голямото ни сътрудничество досега и представлява седем години събиране на данни и над две години анализи на данни, включително соматична мутация и извикване на номер на копие, откриване на структурни варианти, анализ на зародишна линия, клъстериране на експресии, анализ на оцеляването и откриване на сигнатура на мутация Синтезирането на тези анализи разкри доказателства за придобита резистентност към лечение поради мутации, промени в броя на копията и дори промени в експресията, както и редки некодиращи повтарящи се събития, които могат да представляват двигатели на рака.

Най-поразителното откритие е степента, до която експозицията на лечение е свързана с повишени соматични мутации в генома. Всъщност пациентите, изложени на платинени терапии повече от една година, имат средно два пъти повече мутации от тези, които не са били изложени. Също така наблюдавахме специфични мутационни сигнатури, свързани със специфични лекарствени комбинации и дефекти за възстановяване на туморната ДНК. Тези открития имат както отрицателни, така и положителни последици за пациентите - повишената мутационна тежест може да осигури на туморите повече начини за развитие на резистентност към лечение, но също така може да увеличи тяхната податливост към имунотерапии. Това също подчертава необходимостта от изследване на напреднали и лекувани ракови заболявания, които в момента са слабо представени в тази област, въпреки че имат най-високата смъртност.

В дългосрочни съвместни проекти като POG, разпознаването на етапи е важен начин за празнуване. Днес сме нетърпеливи да отпразнуваме публикуването на този набор от данни, когато можем да бъдем отново заедно, тъй като сега всички работим от съответните си домове, за да помогнем за намаляване на разпространението на COVID-19.

Ние сме изключително горди от POG и сме много развълнувани, че можем да споделим този нов набор от данни с изследователската общност. Както демонстрирахме чрез нашата програма, сътрудничеството е от съществено значение за насърчаване на научните изследвания напред, а широкото споделяне както на геномни, така и на клинични данни е неразделна част от по-нататъшното разбиране на рака и подобряване на грижите за пациентите.

Ние сме много заинтересовани да чуем как другите включват нашите POG данни в своите изследвания! Моля, кажете ни, като оставите коментар по-долу.

Това, което започна като еднократен опит за предоставяне на персонализирани предложения за терапия на пациент във Ванкувър, се превърна в дълбоко съвместно усилие, което докосна живота на стотици пациенти и техните семейства, помогна за стартирането на ново поколение проекти, привеждащи геномиката в клиника в Канада и предостави на глобалната общност богат ресурс от геномика и клинични данни от напреднали пациенти с рак. Заедно можем да работим за намаляване на тежестта на рака в световен мащаб, чрез изследвания и иновативно лечение.

Написано от: Лора Уилямсън, Ерин Плесанс и Ема Титмус