РЕЗЮМЕ

Тук докладваме черновата на геномната последователност на Bifidobacterium longum subsp. longum щам MC-42, изолиран от изпражненията на здраво бебе, и който е бил използван в предлагания на пазара пробиотичен продукт Biovestin.

генома

ОБЯВЯВАНЕ ЗА ГЕНОМ

Бифидобактериите, принадлежащи към групата на актинобактериите, са Грам-положителни бактерии с високо съдържание на G + C, които често се срещат в стомашно-чревния тракт на човека (1). Членовете на рода Bifidobacterium обикновено се използват като пробиотични организми, които осигуряват полза за здравето на гостоприемника (2). Bifidobacterium longum се използва широко като пробиотик поради своята устойчивост на силно киселинната среда по време на стомашния транзит (3, 4). Тук представяме черновата на геномната последователност на B. longum subsp. longum щам MC-42, изолиран от изпражненията на здраво бебе, и който е бил използван в предлагания на пазара пробиотичен продукт Biovestin.

Геномна ДНК на B. longum беше изолирана от култивирани клетки с помощта на комплект за пречистване на геномна ДНК GeneJET (Thermo Scientific) съгласно инструкциите на производителя. След това геномната ДНК беше изрязана в microTUBE AFA епруветка със захващаща капачка, използвайки инструмент Covaris S2 (Covaris) със средно разпределение на фрагменти от около 500 bp. Библиотеката за сдвоени краища беше подготвена с помощта на NEBNext Ultra DNA библиотечен подготвителен комплект за Illumina (NEB). Последователността на целия геном на библиотеката на B. longum се провежда на секвенсор за геном MiSeq (2 × 300 цикъла, Illumina) в SB RAS Genomics Core Facility (ICBFM SB RAS, Новосибирск, Русия). Целият геном е сглобен de novo със софтуера CLC Genome Workbench v8.5 (CLC Bio). Резултатите от автоматичните функционални анотации са получени с помощта на NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAAP) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/).

От генома на B. longum са генерирани общо 924 022 четения. Отчитанията са събрани до чернови геном от 2 287 827 нуклеотида при 80-кратно покритие със 59,8% G + C съдържание. Геномната последователност се състои от 29 контига. Геномът на B. longum MC-42 съдържа 1827 кодиращи последователности, четири rRNA оперони и 51 tRNA гени. Общо 46 псевдогени, три некодиращи РНК (ncRNA) гена, два клъстера на редовно разпръснати кратки палиндромни повторни системи (CRISPR) и 22 генерирани с рамка гени бяха предвидени с помощта на PGAAP.

Номера за присъединяване. Проектът за пушка с цял геном на B. longum е депозиран в GenBank под номер за присъединяване LNCM00000000.

ПРИЗНАВАНИЯ

Това изследване е финансирано от Затворено акционерно дружество „Биовеста” (Новосибирск, Русия).

СТЪПКИ

    • Получено на 21 октомври 2016 г.
    • Приет на 24 октомври 2016 г.
    • Публикувано на 15 декември 2016 г.

Това е статия с отворен достъп, разпространявана при условията на лиценза Creative Commons Attribution 4.0 International.