Коментари

Копиране на връзка Цитирайте отговор

можа

дивнанд коментира 12 юли 2017 г.

Здравей,
Опитвам се да подравня някои RNA Seq данни, използвайки STAR подравняването. Получавам следната грешка веднага щом стартирането започне
ФАТАЛНА ГРЕШКА: не можа да се отвори файл на генома STARgenomeIndex/genomeParameters.txt
Първоначално генерирах индекса на генома с помощта на командата геном за генериране и това изглежда продължи без никакви проблеми. Включих регистрационния файл към това
LogFile.txt

Папката ми с индекс на генома има следните файлове:
Genome SA SAindex chrLength.txt chrName.txt chrNameLength.txt chrStart.txt genomeParameters.txt

и съдържанието на моя файл с параметри на генома е както следва

Не съм сигурен какво става. Отделям 48gb памет за стъпката за генериране на генома. Как да разбера дали файловете ми се генерират правилно?

Надявам се, че можете да ми помогнете. Благодаря.

алексдобин коментира 12 юли 2017 г.

това съобщение за грешка вероятно означава, че STAR не е намерил пътя към файла genomeParameters.
Силно препоръчвам да използвате пълен (а не относителен) път в командите STAR, т.е.
--genomeDir/път/към/STARgenomeIndex /

Ако това не помогне, моля, изпратете ми файла Log.out на неуспешното изпълнение.

дивнанд коментира 13 юли 2017 г.

Благодаря Алекс. Работих върху клъстер и изглежда, че се нуждаеше от пълния път. не само пътя от моята директория. Сега работи.
Също така, изглежда, че не работи, ако използвам входни файлове с цип с readFilesCommand. Трябваше да разархивирам файловете, преди да стартирам STAR.

алексдобин коментира 13 юли 2017 г.

са всички съобщения за грешки на екрана или в края на файла Log.out?
Ако дялът, от който стартирате STAR (т.е. директория за изпълнение) е FAT, файловете на fifo няма да работят и следователно разархивирането в движение няма да работи. Можете да проверите това, като се опитате да стартирате в домашната директория:
$ mkfifo tmp1.fifo

kemin711 коментира 9 май 2018г

Получавам това съобщение за грешка, защото липсва този файл от моя --genomeDir. Аз съм нов в звездата. Трябва ли сам да генерирам този файл? Или да го копирам от някъде другаде? Благодаря предварително.

dinvlad коментира 9 май 2018г

@ kemin711 afaik този файл трябва да бъде включен във вашия genomeDir като част от стандартния референтен пакет.

алексдобин коментира 10 май 2018г

този файл се генерира от STAR, когато генерирате геномни индекси - направили ли сте тази стъпка? Приключи ли успешно?

Cjuery коментира 2 октомври 2018 г.

Връщам се към тази дискусия. Също така имам проблеми с „не можах да отворя геномен файл GENOME_data/звезда // genomeParameters.txt“
Проблемът е, че използвам STAR за картографиране на CHIP-seq данни (използвайки метода на вече публикувана статия).
Мисля, че проблемът е, че програмата не намира файловете, близки до анотацията на транскрипта (като SA или SAindex), които трябва да бъдат генерирани от опцията: --sjdbGTFfile по време на стъпката за създаване на индекс.

Мислите ли, че това може да повлияе на изпълнението на програмата?

Благодаря Ви предварително за помощта.
Наздраве

алексдобин коментира 2 октомври 2018 г.

моля, проверете дали сте посочили правилния път до индекса на генома в опцията --genomeDir и от това не помага, моля изпратете ми файла Log.out.

Mederer1993 коментира 6 октомври 2018 г.

Имам проблеми със стартирането на STAR след генериране на генома mm10. Използвам абсолютни пътеки за всички файлове и директории и създадох индекса с --genomeSAsparseD 2, за да преодолея лимита на моите 32 GB RAM MacBook Pro.

Изглежда индексът е генериран успешно (вижте файла Log.out.txt) и промених разрешението за всички генерирани файлове:

Tobiass-MBP: star_index_mm10_overhang_149 tobiasmederer $ ls -l
общо 31435840
-rwxrwxrwx 1 tobiasmederer персонал 2825193028 6 окт 19:38 Геном
-r-xr-xr-x 1 tobiasmederer персонал 32512 6 окт 19:38 Изход
-rwxrwxrwx 1 tobiasmederer персонал 11633022220 6 окт 19:38 SA
-rwxrwxrwx 1 tobiasmederer персонал 1565873619 6 окт 19:38 SAindex
-rwxrwxrwx 1 tobiasmederer персонал 493 6 окт 19:16 chrLength.txt
-rwxrwxrwx 1 tobiasmederer персонал 539 6 окт 19:16 chrName.txt
-rwxrwxrwx 1 tobiasmederer персонал 1032 6 окт 19:16 chrNameLength.txt
-rwxrwxrwx 1 tobiasmederer персонал 721 6 окт 19:16 chrStart.txt
-rwxrwxrwx 1 tobiasmederer персонал 28640439 6 окт 19:35 exonGeTrInfo.tab
-rwxrwxrwx 1 tobiasmederer персонал 11702051 6 окт 19:35 exonInfo.tab
-rwxrwxrwx 1 tobiasmederer персонал 1036114 6 окт 19:35 geneInfo.tab
-rwxrwxrwx 1 tobiasmederer персонал 1030 6 окт 19:38 genomeParameters.txt
-rwxrwxrwx 1 tobiasmederer персонал 8201106 6 окт 19:35 sjdbInfo.txt
-rwxrwxrwx 1 tobiasmederer персонал 6438917 6 окт 19:35 sjdbList.fromGTF.out.tab
-rwxrwxrwx 1 tobiasmederer персонал 6437120 6 окт 19:35 sjdbList.out.tab
-rwxrwxrwx 1 tobiasmederer персонал 8528277 6 окт 19:35 transcriptInfo.tab

Все пак получавам грешка при опит за стартиране на STAR:

ИЗЛИЗАНЕ поради ФАТАЛНА ГРЕШКА: не можа да се отвори геномния файл ./GenomeDir//genomeParameters.txt
РЕШЕНИЕ: проверете дали пътят до файловете на генома, посочен в --genomeDir, е правилен и файловете са налични, и има разрешения за четене от потребителя (log.out.align.txt)

Може ли някой да ми помогне?

Mederer1993 коментира 6 октомври 2018 г. •

Не знам как точно, но успях да накарам STAR да работи сега. Намалих броя на нишките, поиграх малко с кода, включих gtf файла в командния ред за изпълнението на STAR, посочих --runMode и промених пътя на моята изходна директория, за да бъде в същата родителска директория като геномния индекс . Един или повече от тях са направили трика очевидно!

Това е командният ред, с който се озовах:
/ usr/local/Cellar/STAR/bin/MacOSX_x86_64/STAR \
--runMode alignReads \
–-RunThreadN 6 \
--genomeDir/Users/tobiasmederer/data/mouseENSEMBLGRCm38/indexmm10overhang149 \
--sjdbGTFfile /Users/tobiasmederer/data/mouseENSEMBLGRCm38/annotation/Mus_musculus.GRCm38.94.gtf \
--readFilesIn /Users/tobiasmederer/data/mouseENSEMBLGRCm38/MiSeq/clean_67NR-6.fq \
--outSAMtype BAM Несортирано \

алексдобин коментира 9 октомври 2018 г.

при неуспешното изпълнение сте използвали ––genomeDir/Users/tobiasmederer/Desktop/data/Mus_musculus_ENSEMBL_GRCm38/star_indices_overhang_299
което, предполагам, не беше правилният път към директорията на генома /./star_index_mm10_overhang_149

Друго предложение - не е необходимо да използвате --sjdbGTFfile /Users/tobiasmederer/data/mouseENSEMBLGRCm38/annotation/Mus_musculus.GRCm38.94.gtf, ако вече сте го използвали в стъпката за генериране на генома.

edevog коментира 26 януари 2019 г.

Възможно ли е да стартирате STAR без геномния индекс? Бих искал само да използвам STAR за картографиране на генома.

алексдобин коментира 28 януари 2019 г.

трябва да генерирате индекса на генома преди картографиране - това трябва да се направи само за даден геном.

edevog коментира 23 февруари 2019 г.

Бихте ли ми помогнали и с нещо друго?

След генериране на индекса на генома, създадената от мен директория genomeDir няма файл "genomeParameters.txt", така че картографирането не работи и получавам грешката в заглавието на този брой.

алексдобин коментира 24 февруари 2019 г.

ако този файл липсва, това означава, че геномното генериране не е завършило.
Къде има съобщения за грешка? Можете също да погледнете края на файла Log.out.

Понастоящем не можете да извършите това действие.

Влезли сте с друг раздел или прозорец. Презаредете, за да опресните сесията си. Излязохте от друг раздел или прозорец. Презаредете, за да опресните сесията си.