LAMA4

Резултат от анотация: 5 от 5

алфа-4

Резултатът от анотацията осигурява евристична мярка на съдържанието на анотацията на запис на UniProtKB или протеома. Този резултат не мога да се използва като мярка за точността на анотацията, тъй като не можем да дефинираме „правилната анотация“ за даден протеин.

- Експериментални доказателства на ниво протеин i

Това показва вида на доказателствата, които подкрепят съществуването на протеина. Имайте предвид, че доказателствата за „наличие на протеин“ не дават информация за точността или правилността на показаната последователност (и).

Изберете раздел отляво, за да видите съдържанието.

Този раздел предоставя всякаква полезна информация за протеина, най-вече биологични познания.

Внимание

Проектът за генна онтология (GO) предоставя набор от йерархично контролиран речник, разделен на 3 категории:

GO - Молекулярна функция i

GO - Биологичен процес i

  • клетъчна адхезия Източник: UniProtKB-KW
  • организация на извънклетъчната матрица Източник: Reactome
  • отрицателна регулация на индуцирана от студа термогенеза Източник: YuBioLab

Изведено от последователност или структурно сходство
Използва се за всеки анализ, базиран на подравняване на последователността, сравнение на структурата или оценка на характеристики на последователността, като състав.

Повече информация в ръководството за GO кодове за доказателства

Изведено от последователност или структурно сходство i

Ключовите думи на UniProtKB представляват контролиран речник с йерархична структура. Ключовите думи обобщават съдържанието на запис в UniProtKB и улесняват търсенето на протеини, които представляват интерес.

Бази данни за ензими и пътища

Уеб ресурс Pathway Commons за данни за биологични пътища

Реактом - база от знания за биологични пътища и процеси

SIGNOR Signaling Network Open Resource

Този раздел предоставя информация за протеиновите и генните имена и синоними и за организма, който е източникът на протеиновата последователност.

Имена и таксономия i

Този подраздел на раздела Имена и таксономия предоставя изчерпателен списък на всички имена на протеина, от често използвани до остарели, за да позволи еднозначно идентифициране на протеин.

Този подраздел на раздела Имена и таксономия посочва имената (ите) на гена (ите), който кодира протеиновата (ите) последователност (и), описана в записа. Съществуват четири различни маркера: „Име“, „Синоними“, „Подредени имена на локуси“ и „имена на ORF“.

Този подраздел на раздела Имена и таксономия предоставя информация за името (ите) на организма, което е източникът на протеиновата последователност.

Този подраздел на раздела Имена и таксономия показва уникалния идентификатор, присвоен от NCBI на организма източник на протеина. Това е известно като „таксономичен идентификатор“ или „таксиметров“.

Този подраздел на раздела Имена и таксономия съдържа таксономичната йерархична класификация на изходния организъм. Той изброява възлите, както се показват отгоре надолу в таксономичното дърво, като първо е изброено по-общото групиране.

Този подраздел на раздела "Имена и таксономия" присъства за записи, които са част от протеома, т.е.

Протеомът на UniProt може да се състои от няколко компонента.
Името на компонента се отнася до геномния компонент, кодиращ набор от протеини.

Бази данни, специфични за организма

Ресурси от базата данни на еукариотния патоген и хоста

База данни за човешка генна номенклатура

Онлайн наследяване на Мендел в човека (OMIM)

neXtProt; платформата за знания за човешки протеин

Този раздел предоставя информация за местоположението и топологията на зрелия протеин в клетката.

Подклетъчно местоположение i

Извънклетъчна област или секретирана

Автоматично изчислително твърдение

Графика на Christian Stolte & Seán O’Donoghue; Източник:

Извънклетъчна област или секретирана
Извънклетъчна област или секретирана

Изведено от Direct Assay

Използва се за обозначаване на директен анализ на функцията, процеса или компонента, посочени от термина GO.

Повече информация в ръководството на GO за доказателствен код

Изведено от директен анализ i

Ключови думи - клетъчен компонент i

Този раздел предоставя информация за заболяването (ите) и фенотипа (ите), свързани (и) с протеин.

Патология и биотехнологии i

Този подраздел на раздела „Патология и биотехнологии“ предоставя информация за заболяването (ата), свързано (и) с генетични вариации в даден протеин. Информацията е извлечена от научната литература и болестите, които също са описани в базата данни OMIM, са представени с контролиран речник по следния начин:

Участие в болестта i

Кардиомиопатия, разширена 1JJ (CMD1JJ) 1 Публикация

Ръчно подбрана информация, за която има публикувани експериментални доказателства.

Ръчно твърдение въз основа на експеримент в i

Този подраздел на раздела „Последователност“ описва естествените варианти на протеиновата последователност.

Ръчно твърдение въз основа на експеримент в i

Ключови думи - болест i

Бази данни, специфични за организма

База данни на човешките заболявания на MalaCards

Орфанет; база данни, посветена на информация за редки болести и лекарства сираци

Базата знания за фармакогенетиката и фармакогеномиката

Разни бази данни

База знания на Pharos NIH за генетичен геном

Бази данни по химия

База данни на CHEMBL на биоактивни малки молекули, подобни на лекарства

Бази данни за полиморфизъм и мутации

База данни за вариация на BioMuta с еднонуклеотидни вариации и асоциации на заболявания

Картографиране на домейни на болестни мутации (DMDM)

Този раздел описва посттранслационни модификации (PTM) и/или обработка на събития.

PTM/обработка i

Обработка на молекули

Този подраздел на раздела „PTM/Обработка“ означава наличието на N-краен сигнален пептид.

Този подраздел на раздела „PTM/обработка“ описва степента на полипептидна верига в зрелия протеин след обработка или протеолитично разцепване.

Модификации на аминокиселини

Този подраздел на PTM/Обработка ":/help/ptm_processing_section описва позициите на цистеиновите остатъци, участващи в дисулфидни връзки.

Този подраздел на раздела PTM/Обработка определя позицията и типа на всяка ковалентно свързана гликанова група (моно-, ди- или полизахарид).

Ръчно твърдение въз основа на експеримент в i

Ръчно твърдение въз основа на експеримент в i

Ръчно твърдение въз основа на експеримент в i

Ръчно твърдение въз основа на експеримент в i

Ръчно твърдение въз основа на експеримент в i

Ръчно твърдение въз основа на експеримент в i

Ключови думи - PTM i

Протеомични бази данни

Енциклопедия на динамиката на протеомите

jPOST - Японско стандартно хранилище/база данни Proteome

MassIVE - Интерактивна виртуална среда с масова спектрометрия

MaxQB - базата данни MaxQuant

PaxDb, база данни за средно изобилие на протеини във всичките три области на живота

База данни на PRoteomics IDEntifications

ProteomicsDB: мултиорганизмен протеомен ресурс

PTM бази данни

Платформа за гликозилиране на протеини GlyConnect

GlyGen: Изчислителни и информационни ресурси за гликознание

iPTMnet интегриран ресурс за PTM в контекста на системната биология

Изчерпателен ресурс за изследване на протеинови пост-транслационни модификации (PTM) при хора, мишки и плъхове.

База данни на SwissPalm за събития на S-палмитоилация

Този раздел предоставя информация за експресията на ген на ниво иРНК или протеин в клетки или в тъкани на многоклетъчни организми.

Този подраздел на раздела „Експресия“ предоставя информация за експресията на ген на ниво иРНК или протеин в клетки или в тъкани на многоклетъчни организми. По подразбиране информацията се извлича от експерименти на ниво иРНК, освен ако не е посочено „на ниво протеин“.
Примери: P92958, Q8TDN4, O14734

Специфичност на тъканите i

Бази данни за генна експресия

Bgee dataBase за Gene Expression Evolution

ExpressionAtlas, диференциално и базово изражение

Геневидим портал за търсене на нормализирани и подбрани данни за израз от Genevestigator

Бази данни, специфични за организма

Атлас на човешки протеин

Този раздел предоставя информация за кватернерната структура на протеин и за взаимодействието (ата) с други протеини или протеинови комплекси.

Този подраздел на раздела „Взаимодействие“ предоставя информация за белтъчната кватернерна структура и взаимодействия с други протеини или протеинови комплекси (с изключение на физиологичните взаимодействия рецептор-лиганд, които са отбелязани в раздела „Функция“).

Структура на субединицата i

Ламининът е сложен гликопротеин, състоящ се от три различни полипептидни вериги (алфа, бета, гама), които са свързани помежду си чрез дисулфидни връзки в кръстообразна молекула, включваща едно дълго и три къси рамена с глобули на всеки край. Алфа-4 е субединица на ламинин-8 (ламинин-411), ламинин-9 (ламинин-421) и ламинин-14 (ламинин-423).

Този подраздел на раздела „Взаимодействие“ предоставя информация за бинарните протеиново-протеинови взаимодействия. Данните, представени в този раздел, са филтрирана по качество подмножество от бинарни взаимодействия, автоматично получени от базата данни IntAct. Той се актуализира при всяко издание на UniProt.

Бинарни взаимодействия i

Q16363
Изоформа 3 [Q16363-3]

GO - Молекулярна функция i

Бази данни за взаимодействие между протеин и протеин

Общото биологично хранилище за набори от данни за взаимодействие (BioGRID)

ComplexPortal: ръчно подготвен ресурс от макромолекулни комплекси

CORUM изчерпателен ресурс от протеинови комплекси на бозайници

База данни за белтъчни взаимодействия и система за анализ

База данни за молекулярна INTeraction

STRING: функционални мрежи за асоцииране на протеини

Разни бази данни

RNAct, прогнози за взаимодействие между протеин и РНК за моделни организми.

Този раздел предоставя информация за третичната и вторичната структура на протеин.

Бази данни с 3D структура

SWISS-MODEL Repository - база данни с коментирани 3D модели на протеинова структура

База данни за сравнителни модели на протеинова структура

Този раздел предоставя информация за сходството на последователността с други протеини и домена (ите), присъстващ (и) в протеин.

Семейство и домейни i

Домейни и повторения

Този подраздел на раздела Семейство и домейни описва позицията и типа на домейн, който се определя като специфична комбинация от вторични структури, организирани в характерна триизмерна структура или гънка.

Ръчно потвърдена информация, генерирана от системата за автоматично анотиране UniProtKB.

Ръчно твърдение съгласно правилата i

Ръчно твърдение съгласно правилата i

Ръчно твърдение съгласно правилата i

Ръчно твърдение съгласно правилата i

Ръчно твърдение съгласно правилата i

Ръчно твърдение съгласно правилата i

Ръчно твърдение съгласно правилата i

Ръчно твърдение съгласно правилата i

Ръчно твърдение съгласно правилата i

Регион

Този подраздел на раздела „Семейство и домейни“ описва област от интерес, която не може да бъде описана в други подраздели.

Намотана намотка

Този подраздел на раздела „Семейство и домейни“ обозначава позициите на регионите на навита намотка в протеина.

Мотив

Този подраздел на раздела „Семейство и домейни“ описва кратък (обикновено не повече от 20 аминокиселини) консервиран последователен мотив от биологично значение.

Този подраздел на раздела „Семейство и домейни“ предоставя обща информация за биологичната роля на даден домейн. Терминът „домейн“ е предназначен тук в широкото му приемане, той може да бъде структурен домейн, трансмембранен регион или функционален домейн. В този подраздел са описани няколко домейна.

Ключови думи - домейн i

Филогеномни бази данни

еволюционна генеалогия на гените: Ненаблюдавани ортологични групи

Базата данни на HOGENOM за хомоложни гени от напълно секвенирани организми

InParanoid: Еукариотни ортологични групи

База данни на ортологични групи

База данни за пълни колекции от генни филогении

База данни на TreeFam за животински генетични дървета

Бази данни за семейство и домейн

Интегриран ресурс от протеинови семейства, домейни и функционални сайтове

База данни на домейн за протеини на Pfam

Прост модулен инструмент за изследване на архитектурата; база данни за протеинов домейн

База данни от суперсемейство за структурна и функционална анотация

PROSITE; база данни за протеинов домейн и семейство

Този раздел показва по подразбиране каноничната протеинова последователност и при поискване всички изоформи, описани в записа. Той също така включва информация, отнасяща се до последователността (ите), включително дължина и молекулно тегло. Информацията се съхранява в различни подраздели. Настоящите подраздели и тяхното съдържание са изброени по-долу:

Този подраздел на секцията Последователност показва дали каноничната последователност, показана по подразбиране в записа, е пълна или не.

Състояние на последователността i: завършено.

Този подраздел на секцията Последователност показва дали каноничната последователност, показана по подразбиране в записа, е в зряла форма или представлява прекурсора.

Обработка на последователността i: Показаната последователност се обработва допълнително в зряла форма.

Този запис описва 3

Този подраздел на раздела „Последователност“ изброява алтернативните протеинови последователности (изоформи), които могат да бъдат генерирани от един и същ ген чрез единично или чрез комбинация от до четири биологични събития (алтернативно използване на промотор, алтернативно сплайсинг, алтернативно иницииране и рибозомно преместване на рамки ). Освен това този раздел дава подходяща информация за всяка алтернативна протеинова изоформа. Този раздел присъства само в прегледани записи, т.е.в UniProtKB/Swiss-Prot.

изоформи, произведени от алтернативно снаждане . AlignAdd to basket Добавено в кошницата

Този запис има 3 описани изоформи и 12 потенциални изоформи, които се изчисляват изчислително. Покажи всички Изравняване на всички

Тази изоформа е избрана за

Каква е каноничната последователност?

канонична i последователност. Цялата позиционна информация в този запис се отнася до него. Това е и последователността, която се появява във версиите на записа, които могат да се изтеглят.

Контролната сума е форма на проверка на резервиране, която се изчислява от последователността. Полезно е за проследяване на актуализации на последователността.

Трябва да се отбележи, че докато на теория две различни последователности могат да имат една и съща стойност на контролната сума, вероятността това да се случи е изключително ниска.

UniProtKB обаче може да съдържа записи с идентични последователности в случай на множество гени (паралози).

Контролната сума се изчислява като последователност 64-битова стойност за проверка на циклична излишък (CRC64), като се използва полином на генератора: x 64 + x 4 + x 3 + x + 1. Алгоритъмът е описан в стандарта ISO 3309.

Press W.H., Flannery B.P., Teukolsky S.A. и Vetterling W.T.
Циклично съкращаване и други контролни суми
Числени рецепти в C 2-ро издание, pp896-902, Cambridge University Press (1993))

Контролна сума: i 25BFB6120C2A86F1

Последователността на тази изоформа се различава от каноничната последователност, както следва:
266-272: Липсва.