Първата категория хранителни съставки са междинни метаболити, образувани от храносмилането на липиди, полизахариди и протеини. Повечето от тези съединения са общи за всички живи организми и идентични с човешки ендогенни метаболити, поради което те обикновено не могат да бъдат използвани като хранителни биомаркери поради общата им идентичност и невъзможността да се проследи диетичният им произход. Възможните изключения са основните аминокиселини, незаменимите мастни киселини, заедно с повечето витамини и минерали5, които не могат да бъдат произведени от хората и трябва да произхождат от външни хранителни източници.

могат бъдат

Втората категория хранителни съставки са тези, които се метаболизират чрез трансформация от тъканите на гостоприемника. Хранителните съединения, които не са полезни за основния метаболизъм или които не съответстват на познатите ендогенни метаболити, се третират като ксенобиотици. Примерите за екзогенни хранителни съставки включват полифеноли, алкалоиди, каротеноиди, хлорофили, изкуствени оцветители, изкуствени ароматизатори, естествени летливи вещества за ароматизиране/аромат и продукти на реакция на Maillard, образувани по време на готвене. Човешкото тяло поддържа сложна защитна система, състояща се от десетки ензими и мембранни транспортери, за да разпознава тези чужди и потенциално токсични химикали и да ги неутрализира чрез бърза биотрансформация и/или елиминиране. Въпреки че не много от тях са добре охарактеризирани, трансформираните от гостоприемника метаболити запазват много от характеристиките на техните родителски съединения и следователно тези екзогенно получени метаболити могат да бъдат доста полезни като специфични хранителни биомаркери.

Третата категория хранителни метаболити са тези, трансформирани чрез микробен метаболизъм. Микробите имат много по-различен набор от ензими, отколкото бозайниците и като се има предвид, че в човешките черва има повече от 1000 различни вида микроби (), има огромно разнообразие от ензимни процеси, които действат върху съединения, получени от храната. Някои микробни метаболити могат да бъдат полезни като хранителни биомаркери, въпреки че поради сложната връзка между източника на храна, преобладаващите чревни микробни видове и произтичащите метаболити на храната (), микробните метаболити трябва да се третират с повишено внимание, когато се използват като хранителни биомаркери.