Експресия на повърхността на ганглиозид GD2 в клетъчни линии на рак, анализирана чрез поточна цитометрия. Сивите хистограми представляват оцветяване с анти-GD2 моноклонални антитела, празни хистограми представляват автофлуоресценция на неоцветени клетки. RFI (относителна интензивност на флуоресценция) - съотношението на специфична флуоресценция на клетъчно оцветяване с белязани с AF488 антитела 14G2a и автофлуоресценция на контролните неоцветени клетки.

базата

Представяне на пътя на биосинтеза на ганглиозид и потенциалните роли на ензимите галактозил и сиалил трансфераза в синтеза на GD2. GlcCer — глюкозилцерамид, LacCer — лактозилцерамид, B4GALT6 — LacCer синтаза, ST3GAL5 — GM3 синтаза, ST8SIA1 — GD3 синтаза, ST8SIA5 — GT3 синтаза, B4GALNT1 — GD2 синтетаза, B3GAL1 синтаза, B3GAL1. Най-проксималните GD2 ензими, GD2 синтазата (B4GALNT1) и GD3 синтазата (ST8SIA1), които катализират директни биосинтетични етапи, водещи до ганглиозид GD2, са маркирани в червено. Ганглиозидна номенклатура, използвана съгласно [42] (списък със съкращения в Допълнителни материали).

Експресия на GD2 биосинтезни ензимни гени в клетъчни линии с различен GD2 статус. Всеки панел, с изключение на ST8SIA1 + B4GALNT1, съответства на отделен ген и съдържа log10-трансформирани нормализирани стойности на експресия на гени за клетъчни линии на три GD2 фенотипни групи (GD2 ++, GD2 + и GD2 -). Панелът ‘ST8SIA1 + B4GALNT1’ представлява резултати от генния подпис, изчислени като сбор от log10-трансформирани стойности на генна експресия на гени ST8SIA1 и B4GALNT1 .

Разлика в генната експресия и оценката на 2-генния подпис между предполагаеми GD2-положителни (червени) и предполагаеми GD2-отрицателни (циан) ракови заболявания и здрави видове тъкани. (A) TCGA набор от данни, n = 981 проби, (B) GTEx набор от данни, n = 11 491 проби, (C) TARGET набор от данни, n = 696 проби. Стойностите на коефициента на корелация на Матюс (вляво) и р-стойностите (вдясно) са показани за всеки отделен ген за биосинтеза на ганглиозид или 2-генния подпис.

MCC оценка на разликата между GD2 генния подпис (сбор от log10-трансформирани експресии на ST8SIA1 и B4GALNT1) и 2-генни сигнатури, състоящи се от произволно избрани гени, свързани с липидния метаболизъм. (A) TNBC и не-TNBC проби от TCGA набор от данни, n = 981 проби, (B) мозъчни тъкани и всички проби, извлечени от нервна тъкан, от GTEx набор от данни, n = 11491 проби, (C) предполагаемо GD2-положителни проби от невробластом и предполагаемо GD2-отрицателни проби от левкемия от набор от данни на TARGET, n = 696 проби.