МикроРНК (miRNAs) са консервирани в еволюция малки некодиращи РНК молекули, които след транскрипция регулират генната експресия чрез сдвояване на база с иРНК. Последните доказателства показват, че miRNA-медиираната генна регулация е от основно значение за нормалните клетъчни функции и колкото една трета от човешките mRNAs могат да бъдат миРНК цели.

номенклатура

Към днешна дата са открити десетки хиляди miRNAs в над 150 вида. Когато се работи с такъв голям брой гени, кодиращи протеини, правилната номенклатура е важна, за да се прави разлика между локусите на гените, транскрипта и продуктите. Съответно има специфична номенклатура и за miRNAs.

Правила на номенклатурата

Експертите се съгласиха относно характеристиките, които трябва да бъдат изпълнени, за да може една последователност да се счита за miRNA. Те включват откриване на 22-нуклеотидна РНК молекула, идентифициране на тази молекула върху набор от допълнителни ДНК, направени от РНК с определени размери, филогенетично запазване на молекулата и наличието на фиби, които имат важни регулаторни роли.

Обикновено и генният локус, и предшественикът miRNA (pre-miRNA) на miRNA се наричат ​​"mir", докато зрелият miRNA продукт е означен като "miR". Когато miRNAs са тясно свързани по отношение на тяхната последователност, те получават допълнителни суфикси под формата на цифри и букви, за да ги различават (например mir-33 или mir-4990).

Освен това всяко име се предшества от три букви, специфични за всеки вид. За хората (Homo sapiens) тези букви са "hsa" (напр. Hsa-mir-367), за обикновения плъх (Rattus norvegicus) те са "rno" (напр. Rno-mir-1), докато ggo-mir-155 е пример за името на miRNA на горила.

Множество miRNAs могат да бъдат свързани с еволюцията, така че буква след номера в суфикса се използва за разграничаване между множество членове на едно и също семейство (например hsa-mir-451a и hsa-mir-451b). Ако два различни локуса произвеждат еднакви зрели продукти, след пълното име се дава допълнителен номер. Например ggo-mir-515-1 и ggo-mir-515-2 произвеждат същия краен продукт на микроРНК: ggo-miR-515.

Свързани истории

Имената, отнасящи се до геномни локуси, трябва да бъдат написани с курсив за по-лесно разграничаване от зрели последователности. Добра практика е да добавите етикет към името, указващ от коя двуверижна РНК (направена в процеса) идва зрялата последователност (напр. Dme-miR-1-5p от 5 'рамото на предшественика и dme -miR-1-3p от 3 'рамото на предшественика).

Съществуват няколко изключения за miRNAs, открити преди описаната система за именуване да се превърне в стандарт. Техните имена са често използвани от по-ранни мутационни екрани, като lin-4 и let-7 от моделния кръгъл червей Caenorhabditis elegans. Такива несеквентни идентификатори се обезкуражават за новооткритите miRNAs.

База данни за miRNA последователности

Базата данни miRBase (известна преди като microRNA Registry) представлява основното онлайн хранилище за miRNA последователности и анотации. Първоначалната цел беше да се поддържа последователна генна номенклатура и нуклеотидна последователност както за публикувани, така и за непубликувани miRNA последователности. Днес тя осигурява изчерпателен достъп до всички публикувани miRNAs.

В резултат на нарастващия брой малки усилия за секвениране на РНК, базата данни е нараснала експоненциално от първоначалното й публикуване през 2002 г. Освен това, техническият напредък в областта на масово паралелното секвениране доведе до откриване на повече miRNAs, но до по-надеждна последователност анотация също.

Базата данни съдържа miRNA от два принципно различни източника. Експериментално проверените зрели miRNA се коментират с експерименталния метод, използван за откриване и справки за първичната литература. В тази база данни могат да бъдат намерени и последователности, които се предлагат хомолози на miRNAs, проверени в свързан организъм. Уникални имена за нови miRNA гени също се предоставят на ловците на гени преди публикуването на резултатите.

Източници

  1. http://www.mirbase.org/help/nomenclature.shtml
  2. http://rnajournal.cshlp.org/content/9/3/277.full
  3. http://nar.oxfordjournals.org/content/34/suppl_1/D140.full
  4. http://journal.frontiersin.org/Journal/10.3389/fgene.2012.00294/full
  5. http://www.mirbasetracker.org/Database-2014-Van%20Peer-database-bau080.pdf
  6. Enright AJ, Griffiths-Jones S. miRBase: база данни за микроРНК последователности, мишени и номенклатура. В: Appasani K. МикроРНК: От фундаментална наука до биология на заболяванията. Cambridge University Press, 2008; стр. 157-171.

Допълнителна информация

Д-р Томислав Мештрович

Д-р Томислав Мештрович е лекар (доктор по медицина) с докторска степен. по биомедицински и здравни науки, специалист в областта на клиничната микробиология и асистент в най-младия университет в Хърватия - Университет Север. В допълнение към интереса си към клинични, изследователски и лекторски дейности, огромната му страст към медицинското писане и научната комуникация се връща към студентските му дни. Той обича да допринася обратно за общността. В свободното си време Томислав е любител на киното и запален пътешественик.

Цитати

Моля, използвайте един от следните формати, за да цитирате тази статия във вашето есе, доклад или доклад:

Мещрович, Томислав. (2018, 23 август). МикроРНК номенклатура. Новини-Медицински. Получено на 10 декември 2020 г. от https://www.news-medical.net/life-sciences/MicroRNA-Nomenclature.aspx.

Мещрович, Томислав. "МикроРНК номенклатура". Новини-Медицински. 10 декември 2020 г. .

Мещрович, Томислав. "МикроРНК номенклатура". Новини-Медицински. https://www.news-medical.net/life-sciences/MicroRNA-Nomenclature.aspx. (достъп до 10 декември 2020 г.).

Мещрович, Томислав. 2018. МикроРНК номенклатура. News-Medical, гледано на 10 декември 2020 г., https://www.news-medical.net/life-sciences/MicroRNA-Nomenclature.aspx.

News-Medical.Net предоставя тази медицинска информационна услуга в съответствие с тези условия. Моля, обърнете внимание, че медицинската информация, която се намира на този уебсайт, е предназначена да подкрепя, а не да замества връзката между пациент и лекар/лекар и медицинските съвети, които те могат да предоставят.

News-Medical.net - сайт на AZoNetwork