Резюме

Познаването на свободната енергия на свързване на малки молекули с макромолекулна цел е от решаващо значение при проектирането на лекарства, както и способността да се предсказват функционалните последици от свързването. Ние подчертаваме как подходът, базиран на молекулярна динамика (MD), може да се използва за прогнозиране на свободната енергия на малки молекули и за осигуряване на приоритети за синтеза и валидирането чрез тестове in vitro. Тук изучаваме динамиката и енергетиката на ядрения рецептор REV-ERBα с неговия ко-репресор NCoR и 35 нови агонисти. Нашият in silico подход комбинира молекулно докинг, молекулярна динамика (MD), достъпна за разтворител повърхностна площ (SASA) и изчисления на молекулярната механика на poisson boltzmann (MMPBSA). Докато докингът даде първоначални намеци за режимите на свързване, тяхната стабилност беше оценена от MD. Изчисленията на SASA разкриха, че присъствието на лиганда води до по-висока експозиция на хидрофобни остатъци REV-ERB за набиране на NCoR. MMPBSA беше много успешен в класирането на лигандите по потентност по ретроспективен и перспективен начин. По-специално, бъдещите MMPBSA базирани на класиране валидации за четири съединения, три предвидени за активни и едно слабо активно, бяха потвърдени експериментално.

режима

Това е визуализация на абонаментното съдържание, влезте, за да проверите достъпа.

Опции за достъп

Купете единична статия

Незабавен достъп до пълната статия PDF.

Изчисляването на данъка ще бъде финализирано по време на плащане.

Абонирайте се за списание

Незабавен онлайн достъп до всички издания от 2019 г. Абонаментът ще се подновява автоматично ежегодно.

Изчисляването на данъка ще бъде финализирано по време на плащане.