Джира Чансаенрой

1 Център за върхови постижения в клиничната вирусология, Медицински факултет, Университет Чулалонгкорн, Банкок, Тайланд

Supansa Tuanthap

1 Център за върхови постижения по клинична вирусология, Медицински факултет, Университет Чулалонгкорн, Банкок, Тайланд

Танундорн Танусуваннасак

1 Център за върхови постижения в клиничната вирусология, Медицински факултет, Университет Чулалонгкорн, Банкок, Тайланд

Ausanee Duang-in

1 Център за върхови постижения по клинична вирусология, Медицински факултет, Университет Чулалонгкорн, Банкок, Тайланд

Сирапа Клинфуенг

1 Център за върхови постижения в клиничната вирусология, Медицински факултет, Университет Чулалонгкорн, Банкок, Тайланд

Нафа Танесконгтонг

2 Chum Phae Hospital, Chum Phae, Khon Kaen, Тайланд

Viboonsuk Vutithanachot

2 Chum Phae Hospital, Chum Phae, Khon Kaen, Тайланд

Сомпонг Вонгпунсавад

1 Център за върхови постижения в клиничната вирусология, Медицински факултет, Университет Чулалонгкорн, Банкок, Тайланд

Йонг Поовораван

1 Център за върхови постижения по клинична вирусология, Медицински факултет, Университет Чулалонгкорн, Банкок, Тайланд

Свързани данни

Всички релевантни данни се намират в хартията и нейните поддържащи информационни файлове.

Резюме

Въведение

Филогенетичен анализ

Нуклеотидните последователности на региона VP4-VP2 бяха подравнени и подложени на реконструкция на филогенетично дърво, използвайки метода на присъединяване на съседи и модел с максимална композитна вероятност, внедрен в софтуера MEGA 5.0 [34]. За липсващите данни бяха използвани изтривания по двойки и устойчивостта на дървото беше определена чрез зареждане с 1000 псевдо-реплики. Бутстрап стойности> 70% се считат за значими.

Статистически анализ

Статистическият анализ беше извършен с помощта на IBM SPSS V21.0 пакет (SPSS Institute, Чикаго, IL). Chi-square е използван за измерване на разликите в EV инфекцията между възрастовите групи. Стойността на p таблица 1). Между 2010 и 2016 г. пробите са положителни за RV (22,7%, 611/2,692), NV (11,4%, 306/2,692) и ADV (9,3%, 249/2,692). RV представлява основният вирус, открит във връзка с диария между 2010 и 2014 г. (Фигура 1А). Преобладаващите генотипове на RV са G3P [8] (46.2%) и G1P [8] (38.1%) (Фигура 2А). RV-положителни проби са най-често открити при малки деца (фиг. 1В). По-голямата част от идентифицирания генотип на NV е GII.4 (52.6%) (Фигура 2В). В това проучване и NV, и ADV са основни ентерични вируси, открити между 2015 и 2016 г. Генотип F41 включва по-голямата част от ADV, открит в пробите (30,5%), последван от C2 (18,1%) и C1 (17,3%) (Фигура 2C ).

свързани

Пропорция на EV, ADV, NV и RV, идентифицирани по година (A) и по възрастова група (B). Броят на вирус-положителните проби е посочен над стълбовите графики. Цветовете са сини за RV, зелени за NV, жълти за ADV и розови, EV.

Разпределението на генотипа на (A) RV на базата на гените VP7 и VP4, (B) NV на базата на RdRp/VP1 региона и (C) ADV на базата на гекса на хексона.

маса 1

Характеристика ДА (N = 2,692) HFMD (N = 1,310)N (%) N (%)
Пол
Мъжки пол1465 (54,4)673 (51,4)
Женски пол1227 (45,6)507 (38,7)
Н/И0 (0)130 (9,9)
Възраст (години)
Фигура 3). Имаше 5.4% (9/168) EV-A, 37.5% (63/168) EV-B, 23.8% (40/168) EV-C и 0.6% (1/168) EV-D (фиг. 4А) . EV-A включва генотипове CV-A4, CV-A5, CV-A8 и CV-A10. Видовете EV-B демонстрират най-голямо разнообразие (18 генотипа), повечето от които са CV-A9 и еховирус Е6 (8/63 за всеки) (Фигура 4В). От идентифицираните 9 типа EV-C, 26 са ваксинните щамове Sabin на полиовирус (8 тип 1, 10 тип 2 и 8 тип 3) (S2 Фиг.). Една фекална проба, получена от 3-годишно дете, има положителен резултат за EV-D68 от клада B2 (S3, S4 и S5 Фигури). И накрая, риновирусът е открит в 32,7% (55/168) от пробите (24 вида A, 9 вида B и 22 вида C), 27 от които не са били коинфектирани с RV, NV или ADV.

Филогенетичното дърво е конструирано с помощта на метода за присъединяване на съседи, внедрен в MEGA (версия 5). Стойностите за преизбиране на Bootstrap> 70 са посочени на възлите. Лентата на скалата показва броя на заместванията на сайт. Черните точки означават EV, получени от проби с множество вируси. Синьо, EV-A; червено, EV-B; зелено, EV-C; лилаво, EV-D; жълто, риновирус.

(А) Кръгова диаграма на EV-A до -D и риновирус, открити във фекалните проби на пациенти с AGE. (B) Генотипове на EV и техните проценти (обозначени с числа над стълбовите графики). Синьо, EV-A; червено, EV-B; зелено, EV-C; лилаво, EV-D; жълто, риновирус.

За разлика от това, анализът на EV, идентифициран в проби с HFMD, разкрива, че преобладаващото мнозинство (92,6%, 757/817) принадлежи на видове A (Фигура 5А). Осем идентифицирани EV-A са CV-A2, CV-A4, CV-A5, CV-A6, CV-A8, CV-A10, CV-A16 и EV71, като най-разпространен е CV-A6 (54,8%, 448/817) (Фигура 5В). Интересното е, че CV-A5, CV-A9, еховирус Е18 и риновирус А са някои от вирусите, открити в множество проби от Ahor и HFMD кохорти.

(А) Кръгова диаграма на EV-A до -C и риновирус, открити във фекалните проби на пациенти с HFMD. (B) Генотипове на EV и техните проценти (обозначени с числа над стълбовите графики). Синьо, EV-A; червено, EV-B; зелено, EV-C; жълто, риновирус.

Дискусия

Вирусният гастроентерит е значителен проблем, особено сред децата в недостатъчно ресурси и развиващите се региони. В допълнение към въздействието върху качеството на живот, AGE налага значителна медицинска и социално-икономическа тежест. Инфекциите, причинени от RV, NV и ADV, остават значително недостатъчно диагностицирани и са отговорни за значителната честота на диария, както беше показано в това проучване и от други [7, 28–30, 35–38]. Въпреки това много EV се признават все по-често като свързани с част от персистиращата диария и често се изследват, когато изпражненията са отрицателни за често замесени ентерични вируси [14, 19, 35, 39].

В това проучване имаше няколко ограничения. Въпреки че би било идеално да се сравнят EV, открити в AGE проби с фекални проби от здрави контроли, съобразени с възрастта, които не показват симптоми на AGE, предварително проучване, което извършихме върху 200 фекални проби от здрави деца на възраст ≤5 години, не показа никакви откриваеми EV (S1 Фигура). Не успяхме да изключим възможността някои AGE епизоди да са причинени от бактерии или други по-редки ентерогенни вируси като астровирус, саповирус и бокавирус. Въпреки че амплифицирахме вирусна нуклеинова киселина директно от клинични проби, ние не извършихме потвърждение чрез изолиране на вирусите с помощта на клетъчна култура, както беше направено в някои проучвания. Успяхме обаче да идентифицираме един или повече вируси във фекалните проби и проверихме всеки с нуклеотидно секвениране. Бъдещите проучвания, включващи проспективно последователно вземане на проби от изпражнения по време на здрави и AGE епизоди от раждането до зряла възраст, могат по-добре да изяснят тежестта на EV при диария. В обобщение, данните от това проучване предполагат връзка между няколко генотипа на EV и част от случаите на AGE в Тайланд, което подчертава разнообразието от клинични прояви, предоставени от EV.

Подкрепяща информация

S1 Фиг

Присъствието на EV и други вирусни патогени (RV, NV и ADV) беше изследвано във фекални проби от лица със и без AGE. Видовете EV, идентифицирани в пробите AGE, впоследствие бяха сравнени с тези, идентифицирани в проби с HFMD, събрани през същия период.