Принадлежности

  • 1 Европейската лаборатория за молекулярна биология, Европейският институт по биоинформатика, The Welcome Genome Campus, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SD, UK [email protected].
  • 2 Европейската лаборатория за молекулярна биология, Европейският институт по биоинформатика, The Welcome Genome Campus, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SD, UK.
  • 3 Cold Spring Harbor Laboratory, 1 Bungtown Road, Cold Spring Harbor, NY 11724, САЩ.
  • 4 Cold Spring Harbor Laboratory, 1 Bungtown Road, Cold Spring Harbor, NY 11724, USA USDA-ARS NAA Plant, Soil and Nutrition Laboratory Research Unit, Cornell University, Ithaca, NY 14853, USA.
  • PMID: 26578574
  • PMCID: PMC4702859
  • DOI: 10.1093/nar/gkv1209
Безплатна статия от PMC

Автори

Принадлежности

  • 1 Европейската лаборатория за молекулярна биология, Европейският институт по биоинформатика, Campus на Wellcome Genome, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SD, Великобритания [email protected].
  • 2 Европейската лаборатория за молекулярна биология, Европейският институт по биоинформатика, The Welcome Genome Campus, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SD, UK.
  • 3 Cold Spring Harbor Laboratory, 1 Bungtown Road, Cold Spring Harbor, NY 11724, САЩ.
  • 4 Cold Spring Harbor Laboratory, 1 Bungtown Road, Cold Spring Harbor, NY 11724, USA USDA-ARS NAA Plant, Soil and Nutrition Laboratory Research Unit, Cornell University, Ithaca, NY 14853, USA.

Резюме

Ensembl Genomes (http://www.ensemblgenomes.org) е интегриращ ресурс за геномни данни от негръбначни видове, допълващ ресурсите за геномиката на гръбначните животни, разработени в контекста на проекта Ensembl (http: //www.ensembl .org). Заедно двата ресурса осигуряват последователен набор от програмни и интерактивни интерфейси към богат набор от данни, включително референтна последователност, генни модели, транскрипционни данни, генетични вариации и сравнителен анализ. Тази статия предоставя актуализация на предишните публикации за ресурса, с акцент върху последните събития. Те включват разработването на нови анализи и възгледи за представяне на полиплоидни геноми (за които основният пример е хлебната пшеница); и непрекъснатото увеличаване на ресурса, който сега включва над 23 000 бактериални генома, 400 гъбични генома и 100 протестични генома, в допълнение към 55 генома от безгръбначни метазои и 39 генома от растения. Това драматично увеличаване на броя на включените геноми е част от по-широко усилие за автоматизиране на интегрирането на архивни данни (геномна последователност, но също така и свързани с тях данни за РНК последователност и вариативни обаждания) в контекста на референтните геноми и предоставянето им чрез Ensembl потребителски интерфейси.

повече

Фигури

Сравнителна геномика на хлебна пшеница, ...

Сравнителна геномика на хлебната пшеница, както е визуализирана в Ensembl Plants. Панел A показва ...

Изравняване на целия геном между ...

Изравняване на целия геном между трите генома на хляб пшеница в набор ...