Идеален е за пациенти с клинично подозрение за моногенно затлъстяване

затлъстяване

Обобщение

Обобщение

Blueprint Genetics Monogenic затлъстяване панел (тест код KI1701):

ICD кодове

Често използвани кодове ICD-10 при поръчка на панела за моногенно затлъстяване

ICD-10 Болест
Е66.9 Моногенно затлъстяване

Примерни изисквания

  • Кръв (мин. 1 ml) в EDTA епруветка
  • Извлечена ДНК, мин. 2 μg в TE буфер или еквивалент
  • Слюнка (моля, вижте Изисквания за проби за приетите комплекти за слюнка)

Етикетирайте епруветката с пробата с името на пациента, датата на раждане и датата на вземане на пробата.

Не приемаме ДНК проби, изолирани от фиксирана с формалин парафинова тъкан (FFPE). Освен това, ако пациентът е засегнат от хематологично злокачествено заболяване, силно се препоръчва ДНК, извлечена от нехематологичен източник (например кожни фибробласти).

Моля, обърнете внимание, че в редки случаи вариантите на митохондриален геном (mtDNA) може да не бъдат открити в кръвта или слюнката, в този случай ДНК, извлечена от постмитотична тъкан, като скелетни мускули, може да бъде по-добър вариант.

Прочетете повече за нашите примерни изисквания тук.

Относно моногенното затлъстяване

Затлъстяването се определя като необичайно или прекомерно натрупване на мазнини, което представлява риск за здравето, което възниква, когато необичайни количества триглицериди се съхраняват в адипоцитите и се освобождават като свободни мастни киселини. В допълнение към диетичните и начина на живот, епигенетичните модификации играят роля при натрупването на излишни мазнини. Затлъстяването е свързано с повишен риск от диабет тип 2, сърдечно-съдови заболявания, рак и смъртност. Наследствеността на затлъстяването и телесното тегло като цяло е висока. Малък брой потвърдени моногенни форми на затлъстяване са идентифицирани чрез молекулярно-генетични изследвания. Идентифицирането на вродения дефицит на предимно адипоцитния хормон на ситостта лептин при изключително затлъстели деца от роднински семейства проправи пътя към първата фармакологична терапия за затлъстяване въз основа на молекулярно генетична находка. Панелът за моногенно затлъстяване включва синдромни състояния като синдром на Bardet-Biedl, синдром на Cohen и синдром на Alström, където затлъстяването е една от характеристиките при сложни нарушения на развитието.

Съдържание на панела

Гени в панела за моногенно затлъстяване и тяхното клинично значение

Геноасоциирани фенотипове Наследяване ClinVar HGMD
ADCY3 Забавяне в развитието, интелектуални затруднения, затлъстяване и дисморфизъм AR 6
ALMS1 * Синдром на Alström AR 197 302
ARL6 Синдром на Барде-Бидл, пигментозен ретинит AR 14. 21.
BBS1 Синдром на Барде-Бидъл AR 66 103
BBS10 Синдром на Барде-Бидъл AR 90 107
BBS12 Синдром на Барде-Бидъл AR 36 58
BBS2 Синдром на Барде-Бидъл, пигментозен ретинит AR 58 91
BBS4 Синдром на Барде-Бидъл AR 25 53
BBS5 Синдром на Барде-Бидъл AR 18. 31
BBS7 Синдром на Барде-Бидъл AR 19. 43
BBS9 Синдром на Барде-Бидъл AR 27 52
CEP19 Морбидно затлъстяване и сперматогенен отказ, синдром на Барде-Бидл AR 2 2
CEP290 * Синдром на Барде-Бидл, вродена амавроза на Лебер, синдром на Жубер, синдром на старши-Локен, синдром на Мекел AR 130 289
CPE Затлъстяване, тежък и диабет тип II AR 2
CUL4B Психично изоставане, синдромно, Кабези XL 23. 38
DYRK1B Коремно затлъстяване-метаболитен синдром От н.е. 2 2
GNAS Синдром на McCune-Albright, прогресивна костна хетероплазия, псевдохипопаратиреоидизъм, наследствена остеодистрофия на Олбрайт От н.е. 64 274
KSR2 Забавяне в развитието, интелектуални затруднения, затлъстяване и дисморфизъм От н.е. 28
LEP Недостиг на лептин AR 5 20.
LEPR # Дефицит на лептинов рецептор AR 4 30
МАГЕЛ2 Синдром на Шааф-Ян (подобен на Прадер-Уили синдром) От н.е. 22. 19.
MC3R Затлъстяване поради дефицит на MC3R AD/AR 17
MC4R Забавяне в развитието, интелектуални затруднения, затлъстяване и дисморфизъм От н.е. 37 152
MKKS Синдром на Бардет-Бидъл, синдром на Маккусик-Кауфман AR 21. 59
MKS1 Синдром на Барде-Бидл, синдром на Мекел AR 50 52
NR0B2 Затлъстяване, леко, с ранно начало AD/AR 2 15
NTRK2 Затлъстяване, хиперфагия и забавяне на развитието От н.е. 4 5
PCSK1 Дефицит на пропротеин конвертаза 1/3 AD/AR 5 37
PHF6 Синдром на Borjeson-Forssman-Lehmann XL 22. 29
PHIP Забавяне в развитието, интелектуални затруднения, затлъстяване и дисморфизъм От н.е. 20. 28
POMC Дефицит на проопиомеланокортин AR 10 36
PPARG Инсулинова резистентност, Липодистрофия, фамилна, частична AD/Digenic (Тежка дигенична инсулинова резистентност може да се дължи на дигенични мутации в PPP1R3A и PPARG) 19. 49
SDCCAG8 Синдром на Bardet-Biedl, синдром на Senior-Loken AR 14. 18.
SH2B1 Забавяне в развитието, интелектуални затруднения, затлъстяване и дисморфизъм От н.е. 1 15
SIM1 6q16 синдром на делеция, затлъстяване поради дефицит на SIM1, синдром на Prader-Willi AD/AR 2 44
TRIM32 Синдром на Барде-Бидъл, мускулна дистрофия, пояс на крайника AR 13 16.
TTC8 Синдром на Барде-Бидл, пигментозен ретинит AR 5 16.
ВАННА Дистрофия на ретината и затлъстяване AR 1 2
UCP3 Затлъстяване, тежък и диабет тип II AD/AR 2 6
VPS13B Синдром на Коен AR 351 203
WDPCP Синдром на Мекел-Грубер, модификатор, синдром на Барде-Бидл, вродени сърдечни дефекти, хамартоми на езика и полисиндактилия AR 6 8

* Някои или всички гени се дублират в генома. Прочетете още.

# Генът има неоптимално покритие (означава 20 пъти с показател за качество на картиране (MQ> 20) четения) и/или генът има екзони, изброени в раздела Тестови ограничения, които не са включени в панела, тъй като не са достатъчно покрити с висококачествена последователност чете.

Чувствителността за откриване на варианти може да бъде ограничена при гени, маркирани със звездичка (*) или цифров знак (#)

Ген се отнася до одобрения от HGNC генен символ; Наследяването се отнася до модели на наследяване като автозомно доминантно (AD), автозомно рецесивно (AR), митохондриално (mi), X-свързано (XL), X-свързано доминантно (XLD) и X-свързано рецесивно (XLR); ClinVar се отнася до броя на вариантите в гена, класифициран като патогенен или вероятно патогенен в тази база данни (ClinVar); HGMD се отнася до броя на вариантите с възможна асоциация на заболяването в гена, изброен в базата данни за човешка генна мутация (HGMD). Списъкът на свързаните, специфични за гена фенотипове се генерира от бази данни на CGD или Mitomap.

Некодирани варианти, обхванати от панел за моногенно затлъстяване

Геномно геномно местоположение HG19 HGVS RefSeq RS-номер
BBS1 Chr11: 66291105 c.951 + 58C> T NM_024649.4
BBS4 Chr15: 73001820 c.77-216delA NM_033028.4 rs113994189
BBS5 Chr2: 170354110 c.619-27T> G NM_152384.2
CEP290 Chr12: 88462434 c.6012-12T> A NM_025114.3 rs752197734
CEP290 Chr12: 88494960 c.2991 + 1655A> G NM_025114.3 RS281865192
CEP290 Chr12: 88508350 около 1910-11T> G NM_025114.3
CEP290 Chr12: 88534822 c.103-18_103-13delGCTTTT NM_025114.3
GNAS Chr20: 57478716 c.2242-11A> G NM_080425.2
MC4R Chr18: 58039645 c.-65_-64delTG NM_005912.2 rs1255331292
PHIP Chr6: 79670165 c.3656 + 1242A> T NM_017934.5
POMC Chr2: 25387652 c.-11C> A NM_000939.2 rs753856820
PPARG Chr3: 12421189 c.83-14A> G NM_015869.4 RS371713160

Тествайте сила и ограничения

Силни страни

Силните страни на този тест включват:

  • Акредитирана лаборатория по ОСП
  • Сертифициран от CLIA персонал, извършващ клинични тестове в сертифицирана от CLIA лаборатория
  • Мощните технологии за секвениране, усъвършенстваните методи за обогатяване на целите и прецизните тръбопроводи за биоинформатика осигуряват превъзходни аналитични показатели
  • Внимателно изграждане на клинично ефективни и научно обосновани генни панели
  • Някои от панелите включват целия митохондриален геном (моля, вижте раздела Съдържание на панела)
  • Нашият онлайн портал Nucleus, осигуряващ прозрачен и лесен достъп до данни за качество и ефективност на ниво пациент
  • Нашата публично достъпна аналитична проверка, показваща пълни подробности за изпълнението на теста

2000 варианта на некодиращо заболяване, причиняващи варианти в нашия анализ за NGS от клиничен клас за панели (моля, вижте „Некодиращи заболявания, причиняващи варианти, обхванати от този панел“ в раздела Съдържание на панела)

  • Нашата строга схема за класификация на вариантите
  • Нашият систематичен работен процес за клинична интерпретация, използвайки патентован софтуер, позволяващ точна и проследима обработка на данните за NGS
  • Нашите изчерпателни клинични изявления

    • Тестови ограничения

    Следните екзони не са включени в панела, тъй като те не са достатъчно покрити с висококачествено четене на последователност: LEPR (NM_001003680: 20). Гените със субоптимално покритие в нашия анализ са маркирани със знак номер (#), а гените с частични или цели гени, сегментарни дублирания в човешкия геном са маркирани със звездичка (*), ако се припокриват с UCSC псевдогенните области. Счита се, че генът има неоптимално покритие, когато се чете 20x с картиране на качествен рейтинг (MQ> 20), и/или генът има екзони, изброени в раздела Тестови ограничения, които не са включени в панела, тъй като не са достатъчно покрити с висококачествена последователност чете. Технологията може да има ограничена чувствителност за откриване на варианти в гени, маркирани с тези символи (моля, вижте таблицата със съдържанието на панела по-горе).

    Този тест не открива следното:

    • Сложни инверсии
    • Преобразуване на гени
    • Балансирани транслокации
    • Някои от панелите включват целия митохондриален геном, но не всички (моля, вижте раздела Съдържание на панела)
    • Повтаряйте нарушенията на разширяването, освен ако не е изрично посочено
    • Некодиращи варианти, по-дълбоки от ± 20 базови двойки от границата екзон-интрон, освен ако не е посочено друго (моля, вижте по-горе Съдържание на панела/некодиращи варианти, обхванати от панела).

    Този тест може да не открие надеждно следното:

    • Ниско ниво на мозайка в ядрените гени (вариант с малка алелна фракция от 14,6% се открива с 90% вероятност)
    • Разтягания на мононуклеотидни повторения
    • Хетероплазма с ниско ниво в mtDNA (> 90% се откриват на ниво 5%)
    • Indels по-големи от 50bp
    • Изтриване или дублиране на единичен екзон
    • Варианти в рамките на псевдогенни региони/дублирани сегменти
    • Някои варианти, причиняващи заболяване, налични в mtDNA, не се откриват от кръвта, поради което може да се наложи пост-митотична тъкан като скелетната мускулатура за установяване на молекулярна диагноза.

    Чувствителността на този тест може да бъде намалена, ако ДНК се извлича от лаборатория, различна от Blueprint Genetics.

    За допълнителна информация, моля, обърнете се към раздела Тестване на ефективността и вижте нашата Аналитична проверка.

    Изпълнение на теста

    Гените в панела са внимателно подбрани въз основа на научна литература, бази данни за мутации и нашия опит.

    Нашите панели са разделени от нашия висококачествен NGS анализ с клиничен клас. Моля, вижте нашата таблица за ефективност на последователността и откриването за подробности относно способността ни да откриваме различни видове промени (таблица).

    Тестовете са валидирани за различни типове проби, включително EDTA-кръв, изолирана ДНК (с изключение на фиксирана в паралин тъкан с формалин), слюнка и сухи кръвни петна (филтърни карти). Тези типове проби бяха избрани, за да се увеличи максимално вероятността за висококачествен добив на ДНК. Диагностичният добив варира в зависимост от използвания анализ, отнасящ се до медицински специалист, болница и държава. Плюс анализът увеличава вероятността за намиране на генетична диагноза за вашия пациент, тъй като големи заличавания и дублирания не могат да бъдат открити само с анализ на последователността. Blueprint Genetics ’Plus Analysis е комбинация от анализ на последователност и изтриване/дублиране (вариант с номер на копие (CNV)).

    Изпълнение на висококачествен анализ на NGS за секвениране на плодове с висококачествен клиничен клас за панели.

    % Чувствителност (TP/(TP + FN) Специфичност%
    Варианти на единични нуклеотиди 99,89% (99,153/99,266) > 99,9999%
    Вмъквания, изтривания и indels чрез анализ на последователността
    1-10 bps 99,2% (7 745/7 806) > 99,9999%
    11-50 bps 99,13% (2,524/2,546) > 99,9999%
    Копиране на варианти на номера (dels/dups на ниво exon)
    1 заличаване на ниво екзон (хетерозиготно) 100% (20/20) NA
    1 изтриване на ниво екзон (хомозиготно) 100% (5/5) NA
    1 изтриване на ниво екзон (хет или хомо) 100% (25/25) NA
    2-7 изтриване на ниво екзон (хет или хомо) 100% (44/44) NA
    1-9 дублиране на ниво екзон (хет или хомо) 75% (6/8) NA
    Симулирано откриване на CNV
    Изтриване/дублиране на ниво 5 екзона 98,7% 100,00%
    Sdrs за микроделеция/дублиране (големи CNV, n = 37))
    Диапазон на размера (0,1-47 Mb) 100% (25/25)
    Представеното по-горе представяне е постигнато чрез висококачествен анализ на NGS секвениране с висококачествен клиничен клас със следните показатели за покритие
    Средна дълбочина на секвениране 143X
    Нуклеотиди с> 20x покритие на секвениране (%) 99,86%

    Изпълнение на анализ на митохондриалното секвениране на Blueprint Genetics.

    Чувствителност% Специфичност%
    АНАЛИТИЧНА ВАЛИДАЦИЯ (проби на NA; n = 4)
    Варианти на единични нуклеотиди
    Хетероплазматичен (45-100%) 100,0% (50/50) 100,0%
    Хетероплазматичен (35-45%) 100,0% (87/87) 100,0%
    Хетероплазматичен (25-35%) 100,0% (73/73) 100,0%
    Хетероплазматичен (15-25%) 100,0% (77/77) 100,0%
    Хетероплазматични (10-15%) 100,0% (74/74) 100,0%
    Хетероплазматичен (5-10%) 100,0% (3/3) 100,0%
    Хетероплазматичен (1000x MQ0 секвениране покритие (%) (клинично) 100%
    rho нулева клетъчна линия (= без mtDNA), средна дълбочина на секвениране 12X

    Биоинформатика и клинична интерпретация

    Биоинформатика