Резюме

Накратко, от секвениране на 96 субекта и информация от база данни, бяха избрани 12 полиморфизма (Фиг. 1 и онлайн приложение Таблица 4), генотипирани и анализирани в пълната проба. Първичният анализ на тези SNPs и техните статистически реконструирани хаплотипове с резултата FFA, както и вторични анализи с нива на триглицериди и глюкоза бяха извършени чрез линейна регресия, коригираща възрастта и пола. Тези анализи бяха ограничени до субекти, които не приемат никакви антидиабетни лекарства. Аналогичният анализ за изхода на диабет тип 2 е направен чрез логистична регресия.

atgl

РЕЗУЛТАТИ

Генетични вариации в ATGL гена.

Повторно проследихме целия ген на ATGL при 48 субекти с нормално тегло и 48 затлъстели (Фиг. 1; за PCR и праймери вижте онлайн приложението Таблици 1 и 2). От откритите SNP бяха избрани 12 SNP, главно ръководени от потенциални функционални съображения. Критериите за подбор чрез намаляване на приоритета са резултат от обмен на аминокиселини (SNPs 4, 7 и 10), вмъкване/делеция полиморфизъм (SNP 11), местоположение на границата на интрон-екзон (SNP 6), местоположение в 3 ′ нетранслиран регион (SNP 12), въвеждане на база данни в началото на проекта (юли 2004 г.) (SNPs 3, 5, 8 и 9), или като SNP за маркиране (SNPs 1 и 2) (онлайн приложение Таблица 3). Тези 12 полиморфизма (онлайн приложение Таблица 4) са генотипирани в цялата група от 2434 индивида. Нито един от генотипираните SNP не нарушава равновесието на Харди-Вайнберг. Един вариант (SNP 4) е много рядка мутация (n = 1 с незначителен алел) и по този начин се отхвърля от анализа. Честотите на генотипа и алелите не се различават между трите подгрупи (онлайн приложение Таблица 4).

Генната структура на ATGL, честотите на второстепенните алели за всеки SNP и корелацията на алелите между различни SNP са показани на фиг. 1. Имаше три SNP без забележима корелация с други (SNPs 1, 2 и 7; r 0,60), като SNP 6 и 12 (r = 0,94) и SNP 3, 8, 10 и 11 (r> 0,90) са особено близки. D 'на Lewontin е бил висок в целия ген, с D' над 0.90 за всички двойки последователни SNP.

Първичен анализ: асоцииране на вариациите на ATGL с плазмените FFA.

Вторичен анализ: асоциация на вариациите на ATGL с плазмените триглицериди, кръвната глюкоза и диабет тип 2.

Моделът е същият, когато се анализират концентрациите на триглицериди в нашия вторичен анализ (Фиг. 2В и онлайн приложение Таблица 6), с P стойности, които са по-слабо изразени в сравнение с нивата на FFA (най-ниската P стойност = 0,01 за SNP 11). Не са наблюдавани доказателства за хетерогенност на оценките на триглицеридите в трите подгрупи. Коефициентът на корелация на Spearman между FFAs и триглицеридите е 0.29, а между FFAs и глюкозата 0.17. Не сме открили значима връзка на някой от SNPs с ИТМ.

A: Първичен анализ: асоциация на 11-те анализирани полиморфизми на гена ATGL, показващи средни промени в плазмените концентрации на FFA за субекти с едно (светло оцветени стълбове) или две (тъмно оцветени стълбове) копия на незначителния алел в сравнение с субекти с дивия тип (SNP 4 се изхвърля, както се наблюдава само при едно лице). Резултатите са получени от модел на линейна регресия, коригиращ възрастта и пола, и логарифмично трансформиран резултат. Ако приемем адитивно наследяване, звездичките маркират SNP, за които средните промени в концентрацията в сравнение с дивия тип са статистически значително различни от 0 до ниво 0,05 (*) или до ниво от 0,006, коригирано за 9,1 ефективни локуса (**) . B и C: Вторични анализи: същото като (A) за триглицеридни и глюкозни плазмени концентрации, съответно. D: Обобщение на P стойности, тестващи връзката със и без поемане на адитивния модел на наследяване (т.е. с P стойности, приемащи тенденция за копие на второстепенния алел или общите P стойности). Средните стойности ± SE за всяка от трите черти за генотипите на всеки SNP са дадени в онлайн приложението Таблици 5-7.

Характеристики на 2434 участници от трите наети групи субекти