Резултат от анотация: 5 от 5
Резултатът от анотацията осигурява евристична мярка на съдържанието на анотацията на запис на UniProtKB или протеома. Този резултат не мога да се използва като мярка за точността на анотацията, тъй като не можем да дефинираме „правилната анотация“ за даден протеин.
- Експериментални доказателства на ниво протеин i
Това показва вида на доказателствата, които подкрепят съществуването на протеина. Имайте предвид, че доказателствата за „наличие на протеин“ не дават информация за точността или правилността на показаната последователност (и).
Изберете раздел отляво, за да видите съдържанието.
Този раздел предоставя всякаква полезна информация за протеина, най-вече биологични познания.
Ръчно подбрана информация, за която има публикувани експериментални доказателства.
Ръчно твърдение въз основа на експеримент в i
Разни
Този подраздел на раздела за функции описва каталитичната активност на ензим, т.е. химическа реакция, която ензимът катализира.
Каталитична активност i
Този подраздел на раздела „Функция“ предоставя информация, свързана с кофактори. Кофактор е всяко непротеиново вещество, необходимо за протеина да бъде каталитично активен. Някои кофактори са неорганични, като металните атоми цинк, желязо и мед в различни степени на окисление. Други, като повечето витамини, са органични.
Ръчно твърдение въз основа на експеримент в i
Ръчно твърдение въз основа на експеримент в i
Този подраздел на раздела за функции описва регулаторни механизми за ензими, транспортери или микробни транскрипционни фактори и отчита компонентите, които регулират (чрез активиране или инхибиране) реакцията.
Регулиране на дейността i
Ръчно твърдение въз основа на експеримент в i
Този подраздел на раздела „Функция“ описва биофизични и химични свойства, като максимална абсорбция, кинетични параметри, рН зависимост, редокс потенциали и температурна зависимост.
Ръчно твърдение въз основа на експеримент в i
рН зависимост i
Ръчно твърдение въз основа на експеримент в i
Този подраздел на раздела „Функция“ описва метаболитния път (и), свързан (и) с протеин.
Път I: биосинтез на рибофлавин
Сайтове
Този подраздел на раздела за функции показва в коя позиция протеинът се свързва с даден метален йон. Естеството на метала е посочено в полето „Описание“.
Този подраздел на раздела за функции описва взаимодействието между отделна аминокиселина и друга химическа единица. Приоритет се дава на анотирането на физиологични лиганди.
Този подраздел на раздела Функция се използва за ензими и показва остатъците, пряко участващи в катализата.
Региони
Този подраздел на раздела за функции описва регион в протеина, който свързва нуклеотидни фосфати. Той винаги включва повече от една аминокиселина и включва всички остатъци, участващи в свързването на нуклеотидите.
Проектът за генна онтология (GO) предоставя набор от йерархично контролиран речник, разделен на 3 категории:
GO - Молекулярна функция i
Изведено от Direct Assay
Използва се за обозначаване на директен анализ на функцията, процеса или компонента, посочени от термина GO.
Повече информация в ръководството за GO кодове за доказателства
Изведено от директен анализ i
GO - Биологичен процес i
Предполага се от мутантния фенотип
Описва анотации, които са заключени от разглеждане на вариации или промени в генен продукт като мутации или анормални нива и включва техники като нокаути, свръхекспресия, експерименти срещу смисъл и използване на специфични протеинови инхибитори.
Повече информация в ръководството за GO кодове за доказателства
Предполага се от мутантния фенотип i
Ключовите думи на UniProtKB представляват контролиран речник с йерархична структура. Ключовите думи обобщават съдържанието на запис в UniProtKB и улесняват търсенето на протеини, които представляват интерес.
Бази данни за ензими и пътища
BioCyc Колекция от бази данни за пътеки/геном
SABIO-RK: База данни за биохимична реакция по кинетика
UniPathway: ресурс за изследване и анотиране на метаболитните пътища
Този раздел предоставя информация за протеиновите и генните имена и синоними и за организма, който е източникът на протеиновата последователност.
Имена и таксономия i
Този подраздел на раздела Имена и таксономия предоставя изчерпателен списък на всички имена на протеина, от често използвани до остарели, за да позволи еднозначно идентифициране на протеин.
Този подраздел на раздела Имена и таксономия посочва имената (ите) на гена (ите), който кодира протеиновата (ите) последователност (и), описана в записа. Съществуват четири различни маркера: „Име“, „Синоними“, „Подредени имена на локуси“ и „имена на ORF“.
Този подраздел на раздела Имена и таксономия предоставя информация за името (ите) на организма, което е източникът на протеиновата последователност.
Този подраздел на раздела Имена и таксономия показва уникалния идентификатор, присвоен от NCBI на организма източник на протеина. Това е известно като „таксономичен идентификатор“ или „таксиметров“.
Този подраздел на раздела Имена и таксономия съдържа таксономичната йерархична класификация на изходния организъм. Той изброява възлите, както се показват отгоре надолу в таксономичното дърво, като първо е изброено по-общото групиране.
Този подраздел на раздела "Имена и таксономия" присъства за записи, които са част от протеома, т.е.
Протеомът на UniProt може да се състои от няколко компонента.
Името на компонента се отнася до геномния компонент, кодиращ набор от протеини.
Този раздел предоставя информация за местоположението и топологията на зрелия протеин в клетката.
Подклетъчно местоположение i
GO - клетъчен компонент i
Изведено от биологичен аспект на предка
Тип филогенетични доказателства, при които се извежда аспект на потомък чрез характеризиране на аспект на родов ген.
Повече информация в ръководството за GO кодове за доказателства
Предполага се от биологичен аспект на предшественика i
Този раздел предоставя информация за заболяването (ите) и фенотипа (ите), свързани (и) с протеин.
Патология и биотехнологии i
Мутагенеза
Този подраздел на раздела "Патология и биотехнологии" описва ефекта от експерименталната мутация на една или повече аминокиселини върху биологичните свойства на протеина.
Ръчно твърдение въз основа на експеримент в i
Ръчно твърдение въз основа на експеримент в i
Ръчно твърдение въз основа на експеримент в i
Този раздел описва посттранслационни модификации (PTM) и/или обработка на събития.
PTM/обработка i
Обработка на молекули
Този подраздел на раздела „PTM/обработка“ описва степента на полипептидна верига в зрелия протеин след обработка или протеолитично разцепване.
Протеомични бази данни
jPOST - Японско стандартно хранилище/база данни Proteome
PaxDb, база данни за средно изобилие на протеини във всичките три области на живота
База данни на PRoteomics IDEntifications
Този раздел предоставя информация за кватернерната структура на протеин и за взаимодействието (ата) с други протеини или протеинови комплекси.
Този подраздел на раздела „Взаимодействие“ предоставя информация за белтъчната кватернерна структура и взаимодействия с други протеини или протеинови комплекси (с изключение на физиологичните взаимодействия рецептор-лиганд, които са отбелязани в раздела „Функция“).
Структура на субединицата i
Ръчно твърдение въз основа на експеримент в i
Този подраздел на раздела „Взаимодействие“ предоставя информация за бинарните протеиново-протеинови взаимодействия. Данните, представени в този раздел, са филтрирана по качество подмножество от бинарни взаимодействия, автоматично получени от базата данни IntAct. Той се актуализира при всяко издание на UniProt.
Бинарни взаимодействия i
P0A7I7
Бази данни за взаимодействие между протеин и протеин
Общото биологично хранилище за набори от данни за взаимодействие (BioGRID)
База данни за взаимодействащи протеини
База данни за белтъчни взаимодействия и система за анализ
STRING: функционални мрежи за асоцииране на протеини
Този раздел предоставя информация за третичната и вторичната структура на протеин.
Вторична структура
Този подраздел на раздела „Структура“ се използва за посочване на позициите на експериментално определени бета вериги в протеиновата последователност.
Ръчно потвърдена информация, изведена от комбинация от експериментални и изчислителни доказателства.
Ръчно твърдение, изведено от комбинация от експериментални и изчислителни доказателства i
Ръчно твърдение, изведено от комбинация от експериментални и изчислителни доказателства i
Този подраздел на раздела „Структура“ се използва за посочване на позициите на експериментално определени обороти, свързани с водород в протеиновата последователност. Тези елементи съответстват на кода на вторичната структура на DSSP „T“.
Ръчно твърдение, изведено от комбинация от експериментални и изчислителни доказателства i
Ръчно твърдение, изведено от комбинация от експериментални и изчислителни доказателства i
Ръчно твърдение, изведено от комбинация от експериментални и изчислителни доказателства i
Ръчно твърдение, изведено от комбинация от експериментални и изчислителни доказателства i
Този подраздел на раздела „Структура“ се използва за посочване на позициите на експериментално определени спиралови области в протеиновата последователност.
Ръчно твърдение, изведено от комбинация от експериментални и изчислителни доказателства i
Ръчно твърдение, изведено от комбинация от експериментални и изчислителни доказателства i
Ръчно твърдение, изведено от комбинация от експериментални и изчислителни доказателства i
Ръчно твърдение, изведено от комбинация от експериментални и изчислителни доказателства i
Ръчно твърдение, изведено от комбинация от експериментални и изчислителни доказателства i
Ръчно твърдение, изведено от комбинация от експериментални и изчислителни доказателства i
Ръчно твърдение, изведено от комбинация от експериментални и изчислителни доказателства i
Ръчно твърдение, изведено от комбинация от експериментални и изчислителни доказателства i
Ръчно твърдение, изведено от комбинация от експериментални и изчислителни доказателства i
Ръчно твърдение, изведено от комбинация от експериментални и изчислителни доказателства i
Ръчно твърдение, изведено от комбинация от експериментални и изчислителни доказателства i
Бази данни с 3D структура
SWISS-MODEL Repository - база данни с коментирани 3D модели на протеинова структура
База данни за сравнителни модели на протеинова структура
Банка с данни за протеини в Европа - База знания
Разни бази данни
Относително еволюционно значение на аминокиселините в протеинова последователност
Този раздел предоставя информация за сходството на последователността с други протеини и домена (ите), присъстващ (и) в протеин.
Семейство и домейни i
Този подраздел на раздела "Семейство и домейни" предоставя информация за сходството на последователността с други протеини.
Прилики на последователността i
Филогеномни бази данни
еволюционна генеалогия на гените: Ненаблюдавани ортологични групи
Базата данни на HOGENOM за хомоложни гени от напълно секвенирани организми
InParanoid: Еукариотни ортологични групи
База данни за пълни колекции от генни филогении
Бази данни за семейство и домейн
База данни за консервирани домейни
Gene3D Структурна и функционална анотация на протеинови семейства
База данни на HAMAP за протеинови семейства
Интегриран ресурс от протеинови семейства, домейни и функционални сайтове
База данни на домейн за протеини на Pfam
База данни от суперсемейство за структурна и функционална анотация
TIGRFAMs; база данни за семейство протеини
Този раздел показва по подразбиране каноничната протеинова последователност и при поискване всички изоформи, описани в записа. Той също така включва информация, отнасяща се до последователността (ите), включително дължина и молекулно тегло. Информацията се съхранява в различни подраздели. Настоящите подраздели и тяхното съдържание са изброени по-долу:
Този подраздел на секцията Последователност показва дали каноничната последователност, показана по подразбиране в записа, е пълна или не.
Състояние на последователността i: завършено.
Контролната сума е форма на проверка на резервиране, която се изчислява от последователността. Полезно е за проследяване на актуализации на последователността.
Трябва да се отбележи, че докато на теория две различни последователности могат да имат една и съща стойност на контролната сума, вероятността това да се случи е изключително ниска.
UniProtKB обаче може да съдържа записи с идентични последователности в случай на множество гени (паралози).
Контролната сума се изчислява като последователност 64-битова стойност за проверка на циклична излишък (CRC64), като се използва полином на генератора: x 64 + x 4 + x 3 + x + 1. Алгоритъмът е описан в стандарта ISO 3309.
Press W.H., Flannery B.P., Teukolsky S.A. и Vetterling W.T.
Циклично съкращаване и други контролни суми
Числени рецепти в C 2-ро издание, pp896-902, Cambridge University Press (1993))
Контролна сума: i C22FED98F48098DF
Бази данни за последователност
База данни на EMBL нуклеотидна последователност
База данни за нуклеотидна последователност на GenBank
ДНК Банка данни на Япония; база данни на нуклеотидна последователност
База данни за протеинова последователност на Информационния ресурс за протеини
Референтни последователности на NCBI
Бази данни за анотации на генома
Проект за анотиране на бактериален и археален геном на Ensembl
База данни за гени от NCBI RefSeq геноми
KEGG: Киото енциклопедия на гени и геноми
Център за интеграция на ресурси на Pathosystems (PATRIC)
Този раздел предоставя връзки към протеини, които са подобни на протеиновите последователности, описани в тази публикация на различни нива на прагове за идентичност на последователността (100%, 90% и 50%) въз основа на тяхното членство в UniProt Reference Clusters (UniRef).
Подобни протеини i
Този раздел се използва за насочване към информация, свързана със записи и намерена в колекции от данни, различни от UniProtKB.
Бази данни за последователност
Бази данни с 3D структура
Банка данни за протеини в Европа
Банка с данни за протеини RCSB
Банка данни за протеини Япония
Бази данни за взаимодействие между протеин и протеин
| BioGRID i | 4263359, 47 интерактори |
| DIP i | DIP-36049N |
| IntAct i | P0A7I7, 2 взаимодействия |
| STRING i | 511145.b1277 |
Протеомични бази данни
Бази данни за анотации на генома
Бази данни, специфични за организма
EchoBASE - интегрирана постгеномна база данни за Е. coli
Филогеномни бази данни
| яйцеNOG i | COG0807, Бактерии |
| ХОГЕНОМ i | CLU_020273_2_1_6 |
| InParanoid i | P0A7I7 |
| PhylomeDB i | P0A7I7 |
Бази данни за ензими и пътища
| UniPathway i | UPA00275; UER00400 |
| BioCyc i | EcoCyc: GTP-CYCLOHYDRO-II-MONOMER MetaCyc: GTP-CYCLOHYDRO-II-MONOMER |
| SABIO-RK i | P0A7I7 |
Разни бази данни
Бази данни за семейство и домейн
ProtoNet; Автоматична йерархична класификация на протеините
MobiDB: база данни за белтъчни разстройства и анотации на мобилността
Този раздел предоставя обща информация за записа.
Информация за влизане i
Този подраздел на раздела „Информация за въвеждане“ предоставя мнемоничен идентификатор за запис на UniProtKB, но не е стабилен идентификатор. На всеки прегледан запис се присвоява уникално име на запис при интегриране в UniProtKB/Swiss-Prot.
Този подраздел на раздела „Информация за влизане“ предоставя един или повече номера за присъединяване. Това са стабилни идентификатори и трябва да се използват за цитиране на записи на UniProtKB. При интегриране в UniProtKB на всеки запис се присвоява уникален номер за присъединяване, който се нарича „Основен (приложим) номер за присъединяване“.
Този подраздел на раздела „Информация за запис“ показва датата на интегриране на записа в UniProtKB, датата на последната актуализация на последователността и датата на последната модификация на анотацията („Последна промяна“). Показва се също номерът на версията както на записа, така и на каноничната последователност.
Този подраздел на раздела „Информация за влизане“ показва дали записът е бил ръчно анотиран и прегледан от кураторите на UniProtKB или не, с други думи, ако записът принадлежи към раздела Swiss-Prot на UniProtKB (прегледани) или към компютърно анотираната секция TrEMBL (непрегледано).
Този раздел съдържа всякаква подходяща информация, която не се побира в други дефинирани раздели
Ключови думи - Технически термин i
Документи
- PATHWAY коментари
Индекс на метаболитните и биосинтезните пътища - Препратки към PDB
Индекс на кръстосани препратки към банка на протеинови данни (PDB) - Сходни коментари
Индекс на белтъчни домейни и семейства
Инструменти
Основни данни
Поддържащи данни
- Цитати от литературата
- Таксономия
- Ключови думи
- Клетъчни местоположения
- Бази данни с кръстосани препратки
- Болести
Информация
- За UniProt
- Помогне
- ЧЗВ
- Ръководство за UniProtKB
- Технически кът
- Експертна биокурация
UniProt е основен ресурс за данни на ELIXIR
Искаме да ви информираме, че актуализирахме нашето Известие за поверителност, за да се съобразим с новия Европейски общ регламент за защита на данните (GDPR), който се прилага от 25 май 2018 г.
- Забележка Експресията на топлоустойчив ентеротоксин STb от прилепнала Escherichia coli не е достатъчна за
- Протеин - Научете, сравнете продукти и спестете от PricePlow
- Протеини и отслабване Колко протеин трябва да ядете, за да отслабнете
- ПРОТЕИН 26 - СПЕЦИАЛНО Шоколадово тесто Брауни тесто VERTEX Храни
- Асимилация на протеини; Здравословни навици