Група изследователи, ръководени от д-р Адам Годжик от Института за медицински изследвания в Бърнам, създават инструменти за ускоряване на разбирането на информацията, събрана от проекта за човешкия геном. Богат на финансиране от 2,1 милиона щатски долара за тригодишен период, този консорциум, под името Съвместен център за молекулярно моделиране, ще се стреми да осигури адекватна подкрепа на учени от Бърнъм и отдела за компютърни науки и инженерство на UCSD, когато се обединят в разработването на иновативни софтуер.

център

Изследователите правят последователност на милиони гени годишно в различни геномни проекти. Решаването на структурите на протеиновите продукти на тези гени протича с по-бавни темпове между 3000 и 5000 годишно. Използвайки структурите на протеини, които вече са решени, д-р Годжик и съ-главните изследователи д-р. Павел Певзнер, Южен Йе и Петър Циеплак ще разработят нови начини за извличане на правила и тенденции за промяната и развитието на структурите. Те ще използват тези инструменти, за да предскажат как, например, човешкият протеин ще се различава от своя аналог при мишки или бактерии.

"Протеиновите структури могат да бъдат решени експериментално за няколко месеца, понякога седмици", каза д-р Годжик. "Учените по света вече са решили десетки хиляди от тях. Структурите на много протеини също могат да се предскажат на компютър за броени минути, но качеството на такива модели обикновено е толкова лошо, че не са полезни в много приложения, като лекарствения дизайн. Разработихме инструменти, които ни позволяват да се учим от вече решени структури и да прилагаме тези знания за подобряване на прогнозираните структури на нови протеини. Това финансиране от Националните здравни институти ни дава възможност да докажем нашата концепция и да направим нашите инструменти, достъпни за учените по целия свят. "

„Д-р Годжик обединява интердисциплинарен екип с впечатляващи резултати“, каза д-р Джери Ли, програмен директор на Националния институт по общи медицински науки към Националния здравен институт, който финансира новия проект. "Чрез разработване и използване на нови изчислителни подходи, групата ще подобри способността ни за точно моделиране на триизмерните структури на протеините, които са безценни за функционалните изследвания и рационалния дизайн на лекарствата."

Д-р Адам Годжик е професор и директор на Програмата за биоинформатика и системна биология в Института за медицински изследвания в Бърнам. Южен Йе, д-р и д-р Пьотр Циеплак са съответно асистент и научен сътрудник в Бърнъм. Павел Певзнер, д-р, е професор по компютърни науки Роналд Р. Тейлър в катедрата по компютърни науки и инженерство в инженерното училище Jacobs на UCSD.

Според Певзнер прогнозирането на протеиновите структури представлява богат източник на нови алгоритмични предизвикателства. „През последните години нови математически инструменти направиха революция в начина, по който описваме пренареждането на геномни елементи и разместването на домейни в многодоменни протеини“, каза Певзнер. "Ние вярваме, че те също могат да се използват за разпознаване и описване на движенията на микродомените в протеиновите структури и това ще бъде фокусът на участието на отдела за компютърни науки и инженерство в това сътрудничество с Института Бърнам."