Относно подмножествата

Какво представляват подмножествата GO?
  • Подмножествата GO (известни също като GO slims) са съкратени версии на GO, съдържащи подмножество на термините. Те са посочени от тагове в онтологията, които показват дали даден термин е член на определено подмножество.
Защо подмножество GO може да бъде полезно?
  • Подгрупите GO са особено полезни за предоставяне на преглед на обхвата на функциите и процесите, открити в даден клад или геном на организма. Като се има предвид грубо зърно върху съдържанието на онтологията, без подробности за конкретните фино изразени термини, тези тънкости могат да предложат цялостно усещане за ключовите биологични функции, които са жизненоважни за организма. Например ограниченият брой на опсиновите гени в дървениците или изобилието от кинини при кърлежите.
  • Подмножествата GO са полезни и за посрещане на специфични изследователски нужди в определени области на биологията. Например, ако изследователят се интересува само от определен клон на биологията, може би от стареене или узряване на плодове, те нямат нужда от термини от други клонове и могат да се фокусират единствено върху тези термини под един клон на онтологията.
  • Подмножествата GO също могат да бъдат полезни за опростяване на търсенето или операциите за анотиране. Чрез намаляване на броя на възможностите за избор на потребителя се представя неговата цялостна ефективност може да се подобри.
Кой може да създаде подмножество?
  • GO предоставя родово подмножество, което подобно на самото GO не е специфично за видовете и което трябва да е подходящо за повечето цели. В допълнение, много специфични за организма подмножества са създадени от членове на консорциума GO и са достъпни за изтегляне, както е изброено по-долу.
  • Алтернативно, потребителите и потребителските общности могат да създават свои собствени подмножества GO. Моля, свържете се с бюрото за помощ на GO за повече информация относно създаването и подаването на вашите подмножества GO.
Как се поддържат GO подмножества?
  • От хората, които са създали GO подмножество, трябва да го поддържат или да не го поддържат, ако възнамеряват да го запазят по причини за възпроизводимост. Ако разработчиците на GO подмножество искат да го поддържат актуален с GO, те ще трябва периодично да преглеждат GO за нови условия и други промени.

Изтеглете подмножества GO

Подмножествата GO са част от онтологията, но могат да бъдат изтеглени и като отделни файлове в секцията за изтегляне на онтология.

бъдат полезни

Свързани инструменти

Опция Map2Slim в OWLTools: Като се има предвид GO подмножество, текуща онтология и специфични асоциации на генни продукти с точни термини от тази текуща онтология, скриптът Map2Slim ще картографира тези термични асоциации до съответните им по-широки термини от GO подмножеството. Този скрипт е опция за OWLTools и може да се използва или за създаване на нов файл за генни асоциации, който съдържа същите анотации, но направени към условията на подмножеството; или в режим на преброяване, в който случай той ще даде различен брой на генните продукти за всеки термин от подмножество. Основна информация и подробности за това как да изтеглите, инсталирате и внедрите OWLTools, както и инструкции за това как да стартирате скрипта Map2Slim са достъпни от Уики OWLTools.

В мрежата: По същия начин има няколко онлайн инструмента, които могат да бъдат полезни. Първият е инструментът за отслабване на Принстън, вторият е по-старият AmiGO по-тънък. Трябва да се отбележи, че онлайн инструментите често съдържат ограничения и изчаквания.