Хранителна микробиология

Редактиран от
Хавиер Карбало

Университет във Виго, Испания

Прегледан от
Тарик Хюсейн

Ядрен институт за земеделие и биология, Пакистан

Guiping Guan

Селскостопански университет Хунан, Китай

Принадлежностите на редактора и рецензенти са най-новите, предоставени в техните профили за проучване на Loop и може да не отразяват тяхното положение по време на прегледа.

различни

  • Изтеглете статия
    • Изтеглете PDF
    • ReadCube
    • EPUB
    • XML (NLM)
    • Допълнителни
      Материал
  • Цитат за износ
    • EndNote
    • Референтен мениджър
    • Прост ТЕКСТ файл
    • BibTex
СПОДЕЛИ НА

Оригинални изследвания СТАТИЯ

  • 1 Ключова лаборатория за контрол на храненето на животните в провинция Гуангдонг, Колеж по наука за животните, Южнокитайски земеделски университет, Гуанджоу, Китай
  • 2 Колеж по животновъдство и Национален инженерен изследователски център за развъждане на свиневъдна индустрия, Южнокитайски земеделски университет, Гуанджоу, Китай

Биоинформатичен анализ

Данните от сурова последователност бяха изрязани, филтрирани, подравнени и класифицирани с помощта на софтуерния пакет QIIME (Ver. 1.7.0) (Campbell et al., 2010). Четенията на основната двойка бяха отсечени на всеки сайт, получил среден качествен рейтинг 1, и химерите бяха премахнати, за да се получат ефективните тагове (Edgar et al., 2011). Оперативните таксономични единици (OTU) бяха групирани, използвайки средния алгоритъм на съсед с ограничение от 97% сходство, използвайки UPARSE (Версия 7.0.1001) 2. След това представителни последователности от всяка OTU бяха присвоени на таксони, използвайки QIIME 3 и алгоритъмът за класификация на проекта Ribosomal Database (RDA) (Cole et al., 2009), базиран на базата данни Silva 4 при ниво на доверие 80%. Алфа разнообразието като оценка на видовото богатство (Chao1 и ACE) и индексите на разнообразието (Shannon и Simpson) бяха изчислени с помощта на MOTHUR (Schloss et al., 2009). Непретегленият основен координатен анализ (PCoA) на базата на OTUs, базиран на разстояние, заедно с анализ на молекулярната дисперсия (AMOVA), бяха направени, за да предоставят преглед на микробния отговор на лечението.

Информацията за последователността 16S в тази статия е депозирана в базата данни GenBank Sequence Read Archive под номер за присъединяване SRP226668.

Корелационен анализ

В предишното ни проучване видовете мазнини значително повлияха на растежа и усвояването на хранителните вещества (Yang et al., 2018). Прасета, хранени с EPO, са се увеличили (P 0,5 и P 0,5 и P ∗ P ∗∗ P Ключови думи: тип мазнини, черва, микробна общност, смилаемост, разплодни свине

Цитиране: Yang F, Zhang S, Tian M, Chen J, Chen F и Guan W (2020) Различни източници на диета с високо съдържание на мазнини предизвиква забележими промени в чревната микробиота на разплодни свине. Отпред. Микробиол. 11: 859. doi: 10.3389/fmicb.2020.00859

Получено: 23 февруари 2020 г .; Приет: 09 април 2020 г .;
Публикувано: 07 май 2020 г.

Хавиер Карбало, Университет във Виго, Испания

Guiping Guan, Хунански селскостопански университет, Китай
Tarique Hussain, Ядрен институт за земеделие и биология, Пакистан

† Тези автори са допринесли еднакво за тази работа